基于JAVA WEB的SNPs分析网站的设计

发布时间：2018-05-31 08:35

  本文选题：SNPs + JAVA　； 参考：《天津理工大学》2016年硕士论文

【摘要】：单核酸多态性(SNPs)不仅提供了丰富的遗传变异信息,而且它对于进一步遗传信息的分析是至关重要的。Atlas2是SNPs分析的高效可行性工具,它主要用于区分出来自于全外显子组捕获测序(wecs)数据和错误的Mapping中真正的SNPs和碱基插入缺失项。本文旨在SNPs分析网站的构建研究,针对SNPs的分析设计出一种通过用户上传所需分析的数据能够自动生成数据分析结果的平台,并且同时达到分析速度的快速性与分析平台的稳定性的双重要求。本文的核心是以Atlas2算法为基础,基于JAVA WEB开发SNPs分析平台网站,使得网站可以在线进行SNPs分析。在系统网络层面架构设计中,本地负载均衡方案,采用了开源解决方案LVS+Keepalived,提高了系统的可用性。缓存层采用Squid,管理灵便,使用平稳,提供快捷方便的接口配置。应用层采用了开源技术方案ssh2+ehcache+nginx+jboss,使用了ehcache集群方式,减轻了数据库层的访问压力,提升了并发及负载能力。文件服务器采用主流开源解决方案FastDFS,可以很好地应用在以文件为载体的在线服务。数据库层采用了主流开源解决方案Mysql,开源框架Mycat database,集群采用Mycat的master-slave的replication和读写分离方案。在前段页面的设计上,使用了有着良好的代码规范的Bootsrap框架,使页面更加简洁紧凑。
[Abstract]:Single nucleic acid polymorphism (SNPs) not only provides abundant genetic variation information, but also is essential for further genetic information analysis. Atlas2 is an efficient and feasible tool for SNPs analysis. It is mainly used to distinguish the true SNPs and base insertion missing items from the whole exon sequenced data and the wrong Mapping. The purpose of this paper is to study the construction of SNPs analysis website, and to design a platform for the analysis of SNPs, which can automatically generate the data analysis results by uploading the data required by the user. At the same time, the speed of analysis and the stability of the platform can be achieved. The core of this paper is to develop the website of SNPs analysis platform based on Atlas2 algorithm and JAVA WEB, so that the website can do SNPs analysis online. In the system network layer architecture design, the local load balancing scheme adopts the open source solution LVS Keepalived, which improves the usability of the system. The buffer layer uses Squid. easy to manage, smooth use, provides quick and convenient interface configuration. The application layer adopts the open source technology scheme ssh2 ehcache nginx jboss, uses the ehcache cluster method, reduces the database layer access pressure, enhances the concurrency and the load ability. The file server adopts the mainstream open source solution FastDFS, which can be applied to the online service with file as the carrier. The database layer adopts the mainstream open source solution MySQL, the open source framework Mycat database, and the cluster adopts the replication of Mycat's master-slave and the separate solution of reading and writing. In the previous page design, the use of a good code specification of the Bootsrap framework, make the page more concise and compact.
【学位授予单位】：天津理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：TP393.092

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本文编号：1958986