基于Cytoscape Web技术实现生物医学网络的XGMML格式数据网页可视化

发布时间：2017-09-29 00:03

  本文关键词：基于Cytoscape Web技术实现生物医学网络的XGMML格式数据网页可视化

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【摘要】：生物医学网络的可视化可以帮助研究者更加直观,充分的了解到生物医学网络中分子之间的互相作用关系。本文采用了一些系列前后相接的技术方案。首先,利用C#的StreamReader类和Xm1Reader类分别完成了原始的TXT和XML数据文档导入MS SQL 2008R2的IntAct和UniProt数据库工作。再用T-SQL语言查询IntAct和UniProt数据库完成了相关TXT生物学数据网络的生成工作。又将相关TXT生物学数据网络通过C#编程处理转换成为Cytoscape Web支持呈现的XGMML数据文档格式。最后用HTML, JavaScript, Cytoscape Web相关技术完成了XGMML数据文档的网页呈图工作。最终,整个过程完成了从生物医学网络相关原始数据交换文档原始格式XML和TXT到XGMML生物医学数据文档网络网页呈图。本文提供了一套从生物医学数据交换的原始格式XML和TXT数据文档到XGMML生物医学网络数据文档网页呈图的可视化参考方案,为研究者对于研究成果的直观展示和及时信息分享提供了极大的便利。
【关键词】：生物医学网络 可视化 Cytoscape Web C# XGMML
【学位授予单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：TP393.092;TP311.13
【目录】：

• 中文摘要3-4
• Abstract4-8
• 第一章 绪论8-14
• 1.1 课题研究背景意义8
• 1.2 国内外发展现状8-10
• 1.2.1 有关于将XML数据文档转换到MS SQL 2008 R2技术8-9
• 1.2.2 有关于生物的可视化技术9-10
• 1.3 相关简介10-11
• 1.3.1 IntAct数据库简介10-11
• 1.3.2 UniProt数据库简介11
• 1.4 实验条件介绍11-12
• 1.5 本文主要研究内容12-14
• 第二章 数据预处理14-21
• 2.1 相关简介14-15
• 2.1.1 分布式计算14-15
• 2.1.2 XML数据文档15
• 2.2 下载相关数据15-16
• 2.3 处理IntAct原始数据16-17
• 2.4 处理UniProt原始数据17-21
• 第三章 数据库关联查询21-26
• 3.1 实验准备21
• 3.2 相关简介21-23
• 3.2.1 T-SQL语言说明21-23
• 3.3 实验步骤23-26
• 第四章 生成可视化XGMML数据文档26-36
• 4.1 实验准备26
• 4.2 相关简介26-28
• 4.2.1 XGMML文件格式26-27
• 4.2.2 逆向工程27-28
• 4.3 问题出现28
• 4.4 实验原理28-29
• 4.5 实验步骤29-36
• 4.5.1 初始化TXT生物学数据网络29-30
• 4.5.2 编码转换30-31
• 4.5.3 生成可视化数据文档31-36
• 第五章 蛋白质XGMML数据文档网络图的网页可视化阶段36-43
• 5.1 实验准备36
• 5.2 相关简介36-38
• 5.2.1 Cytoscape Web36-37
• 5.2.2 JQuery37
• 5.2.3 AJAX37-38
• 5.2.4 HTML语言38
• 5.2.5 JavaScript38
• 5.3 实验原理38-39
• 5.4 实验步骤39-43
• 5.4.1 构建基本网页39
• 5.4.2 数据访问39-40
• 5.4.3 呈图40-43
• 第六章 结论43-48
• 6.1 数据预处理阶段43-45
• 6.2 数据关联查询阶段45-46
• 6.3 生成可视化的XGMML数据文档阶段46-47
• 6.4 蛋白质XGMML数据文档网络图的网页可视化阶段47-48
• 参考文献48-50
• 在学期间的研究成果50-51
• 致谢51-52
• 附录52-53

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 王俊峰;;浅析SQL语言在数据库中的应用[J];计算机光盘软件与应用;2013年07期

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本文编号：938805