海参养殖环境耐药菌分析及三株海洋新菌的分类鉴定

发布时间：2018-01-31 12:20

本文关键词： 水产养殖耐药菌多相分类新目　出处：《山东大学》2015年硕士论文　论文类型：学位论文

【摘要】：本实验从山东省荣成市某海参养殖池(36°54’36"N,122°14'33”E)不同时间点采集水样和泥样。之后利用梯度稀释涂布平板法统计不同时间不同环境可培养微生物、耐左氧沙星微生物以及弧菌的数量。统计结果显示,可培养微生物总量会在十月份达到一个峰值,然而这个阶段耐药菌的数量则相对较少,这可能是由于芽孢杆菌等有益菌的加入而导致的。经过表型排重后将菌株分离并保藏,本实验共得到500余株菌。之后用药敏纸片法测定了部分菌株的耐药谱,分析其结果发现八月份菌株耐药性水平最高,微生物对四环素、萘啶酸、卡那霉素的耐药性最高。最后用PCR法对166株细菌进行了检整合子检测测,49株来自海参养殖池样品,Ⅰ型整合子阳性菌株2株,阳性率4.1%；其余117株来自入水口或海井环境,Ⅰ型整合子阳性菌株10株,阳性率为8.5%。实验过程中还用16S rRNA基因测序的方法对分离到的部分菌株进行了鉴定,对其16S rRNA基因相似度较低的三株海洋细菌(HS6T、FA350T、XK5T)进行了多相分类鉴定。HS6T是一株革兰氏阴性,棒状、弧形或者螺旋形,氧化酶、过氧化氢酶阳性,兼性厌氧的新菌,分离自黄海沿海底泥样品。可将硝酸盐还原为亚硝酸盐,可以在2216E培养基上生长,最适生长条件为：30-33℃,盐度2-3%(w/v),pH6.5-7.0。基于16S rRNA基因序列的发育分析表明,与之最相近的菌株为南极海神单胞菌(Neptunomonas antarctica),相似度为93.3%；紧随其后的是日本海神单胞菌(N. japonica)和伴根海洋杆菌(Marinobacterium rhizophilum),相似度分别为93.2%和93.1%。菌株HS6T的极性脂由磷脂酰乙醇胺、磷脂酰甘油还有其它一些未知成分的脂质组成。主要的脂肪酸是summed feature 3 (C16:1 ω7c/iso-C15:0 2-OH), C18:1ω7c以及C16：0；主要的呼吸醌为泛醌Q-8；基因组G+C含量为为61.2 m01%。基于分子发育分析、生理生化以及化学组分分析的结果表明,菌株HS6T代表了分类学上的一个新种新属,建议将其命名为底泥运动单胞菌(Motiliproteus sediminis)。模式菌株为HS6T(=ATCC BAA-2613T=CICC 10858T)。FA350T是一株革兰氏阴性,棒状,有滑动性,兼性厌氧,氧化酶阴性、过氧化氢酶阳性的新菌,分离自威海海域底泥样品。FA350T在加入了0.1% D型海藻糖(D-trehalose),并用海水代替蒸馏水的营养培养基上长势良好。最适生长条件为33℃,pH 8.5,盐度4%。基于16S rRNA基因序列的分子进化发育分析表明,FA350T代表了德尔塔变形菌纲下一个新目级别的分类单元,最相近的菌株属于除硫单胞菌目(Desulfuromonadales),序列相似性在85.1-85.6%之间。极性脂由磷脂酰乙醇胺、磷脂酰甘油以及其它两种未知的磷脂组成；主要的脂肪酸为iso-C15:0, iso-C17:0和iSo-C17:1 ω10c;甲基奈醌MK-7是唯一的呼吸醌；菌株基因组G+C含量为60.3 m01%。菌株FA350T以及其它一些相近的未培养微生物的16S rRNA序列在德尔塔变形菌纲下形成了一个新目级别的分支。比较分析16S rRNA基因序列表明,FA350T很可能代表了德尔塔变形菌纲下的一个新目。在此基础上,提出建立一个新的分类单元——慢生单胞菌目(Bradymonadales ord. nov.)以容纳这一从未被别人描述过的新物种,慢生单胞菌目前只包含一个科——慢单胞菌科(Bradymonadaceae fam. nov.),模式属是慢生单胞菌属(Bradymonas gen. nov.),模式种为底泥慢生单胞菌(Bradymonas sediminis gen. nov., sp. nov.),模式菌株为FA350T(=DSM 28820T=CICC 10904T)。XK5T是一株革兰氏阴性菌株,细胞呈棒状或弯曲棒状,兼性厌氧,氧化酶阴性,过氧化氢酶阳性,分离自威海海域底泥样品。它有很强的适应性,可以很好的适应比较恶劣的条件。最优生长条件为28-35℃,pH 7.0-8.0,盐度1-3%(w/v)。基于16S rRNA基因序列的进化分析显示,与其相似性最高的物种为硫氰酸脱氮硫碱弧菌(Thioalkalivibrio thiocyanodenitrificans),相似度92.1%：其次是这一属的另外两个物种,嗜硫硫碱弧菌(T. sulfidiphilus)和脱氮硫碱弧菌(T. denitrificans),相似度分别为91.9和91.8%；这三株是仅有的与XK5T 16S rRNA基因序列相似度大于91%的物种。极性脂主要由磷脂酰乙醇胺、磷脂酰甘油以及其它一些未知的磷脂、氨基脂以及脂质组成；主要的脂肪酸由iso-C17:1 ω9c和iso-C15:0组成：主要的呼吸醌是泛醌Q-8;基因组G+C的含量为59.3 mol%。综合比较16S rRNA基因序列表明,XK5T是外硫红螺菌科下的一个新属。建议将其命名为海洋沃斯菌(Woeseia oceani gen. nov., sp. nov.);模式菌株为XK5T(=ATCCBAA-2615T=CICC 10905T)。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：山东大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R446.5

【参考文献】