分子对接程序重构G-四链体—配体小分子复合物的能力评价

发布时间：2022-01-19 06:51

　　核酸G-四链体是由鸟嘌呤富G序列形成的特殊核酸二级结构,在基因的复制、转录和翻译中发挥重要作用。靶向G-四链体的化学小分子呈现了很好的抗肿瘤和抑制病毒的活性。但目前发现的G-四链体配体由于缺乏选择性,细胞毒性较高,因此需要发现新的选择性的G-四链体配体。分子对接方法是发现新型G-四链体配体的常用方法,但已开发的分子对接软件绝大多数是基于蛋白-药物相互作用体系开发的,其描述G-四链体-配体相互作用的准确性还有待评价。为此,本论文搜集整理了PDB数据库中G-四链体-配体复合物结构,测试了常用分子对接软件对G-四链体-配体相互作用的描述能力。在此基础上,采用“一致性”分子对接的虚拟筛选策略,筛选了靶向端粒G-四链体的选择性配体小分子,并测试了这些小分子的活性。本论文包括以下三个部分:1.建立了G-四链体-配体复合物测试集。测试集包含29个G-四链体-配体复合物结构（34个样本）的测试集,且该测试集具有公平、完整、多样化等特点。2.评估了常用分子对接软件对G-四链体-配体复合物重构的综合表现。参照CASF方法（Comparative Assessment of Scoring Function... 

【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：88 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

A，通过Hoogsteen氢键作用，四个鸟嘌呤（G）可以形成平面环状结构；B，阳离子与两个相邻的G-四分体作用保持结构稳定性，图中蓝色球体代表阳离子；C，G-四分体

广泛存在于生物体的核酸中，如端粒末端和Fernando et al 2006，Phan et al 2007，Islam e）、HIF-1α（Hu et al 2013）、KRAS（Agarwl 2014）、RNA aptamers（Mondragón E and M物学过程，它不仅与细胞衰老、免疫系统功能病的发生（Maizels 2006，Arora et al 2008，Daniel et al 2012，Zhang et al 2013，Dolinna识别并延长因细胞分裂增殖而缩短的端粒，从端粒酶活性随着细胞的分裂衰老逐渐消失，但，使其具有持续的增殖能力。药物分子通过诱四链体结构，阻断端粒酶对端粒的识别和延伸果（如图 1-2），因此 G-四链体可作为抑制肿

分子对接程序重构 G-四链体-配体小分子复合物的能力评价Ma et al 2010），可作为伪 G-四分体平面堆积在 G-四链体末端，达到稳定 G-四链体拓扑结构的目的如图 1-4（A）（Stephan and Stephen 2014）。而一些配体分子由于平面较小不足以覆盖整个 G-四分体平面，则多个小分子并肩堆积在 G-四分体表面上如图 1-4（B）（Bazzicalupi et al 2013）。另外，一些具有π电子离域体系的线性分子采用沟槽结合（groove-binding）方式与 G-四链体结合如图 1-4（C）。


本文编号：3596407