精氨酸侧链和核酸碱基间离子氢键作用强度分析

发布时间：2017-08-14 03:28

  本文关键词：精氨酸侧链和核酸碱基间离子氢键作用强度分析

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【摘要】：采用MP2/6-31+G(d,p)方法优化得到了22个由精氨酸侧链与碱基尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤及腺嘌呤形成的氢键复合物的气相稳定结构,使用包含BSSE校正的MP2/aug-cc-p VTZ方法计算得到了复合物的气相结合能,通过MP2/6-31+G(d,p)方法和PCM模型优化得到了复合物的水相稳定结构,采用MP2/aug-cc-p VTZ方法和PCM模型计算得到了复合物的水相结合能.研究发现,精氨酸侧链与碱基间的离子氢键作用强度与单体间电荷转移量、氢键临界点电子密度及二阶作用稳定化能密切相关.与中性氢键相比,离子氢键作用具有更显著的共价作用成分.研究还发现,精氨酸侧链和碱基间形成的氢键复合物的稳定性次序可以通过氢键受体碱基分子上氧原子和氮原子的质子化反应焓变进行预测,质子化反应焓变越负,形成的氢键复合物越稳定.
【作者单位】： 辽宁师范大学化学化工学院;
【关键词】： 精氨酸侧链 核酸碱基 离子氢键 结合能 质子化反应焓变
【基金】：国家自然科学基金(批准号:21173109;21573098) 大连市领军人才项目资助~~
【分类号】：O641.1
【正文快照】： 离子氢键是蛋白质-核酸间的一种重要氢键作用[1,2],在基因表达和调控[3,4]、蛋白质-核酸分子识别[5~11]等过程中具有重要作用.Seeman等[12]和Lehmann等[13]通过X射线衍射和中子衍射实验发现精氨酸侧链可与鸟嘌呤形成氢键复合物.Luscombe等[14]对蛋白质数据库中129个蛋白-DNA复

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本文编号：670552