基于生物信息学的胃肠道间质瘤低级至高级转变的潜在关键基因与信号通路研究

发布时间：2021-11-28 20:56

　　背景与目的 胃肠道间质瘤（Gastrointestinal Stromal Tumors,GIST）是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤,其术后复发和转移率较高,但其机制仍不祥。因此,我们通过生物信息学方法,从分子水平探索和鉴定与GIST进展相关的驱动基因和信号通路,从而揭示GIST的恶性进展机制。方法 首选,我们从GEO数据库中下载GSE136755基因芯片数据,利用R语言的 Limma包筛选出恶性GIST患者（转移性和高危GIST）和恶性程度较低的GIST患者（低和极低风险GIST）之间共同表达的差异基因。然后用这些差异基因进行GO和KEGG信号通路富集分析,构建蛋白质互作网络并预测其转录因子。最后,我们通过cytoHubba筛选出重要模块基因,筛选出Degree前10的基因,并将其作为与GIST的恶性进展相关的潜在关键分子。结果 753个差异基因（378个基因上调,375个基因下调,筛选标准为调整后的P<0.05和|logFC|≥1）被筛选出来。这个差异基因的GO和KEGG信号通路富集分析结果显示,差异基因分别富集在13条生物过程条目和34条细胞信号通路。同时,PPI网络... 

【文章来源】：智慧健康. 2020,6(26)

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
0 引言
1 材料和方法
    1.1 基因表达谱芯片
    1.2 数据处理及差异基因分析
    1.3 GO 富集和 KEGG 通路富集
    1.4 PPI网络联合转录因子预测
    1.5 关键基因的筛选
2 结果
    2.1 数据预处理及差异分析
    2.2 富集分析
    2.3 PPI和转录因子预测网络
    2.4 潜在关键基因筛选
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于生物信息学数据库分析KIF20A在肝细胞癌中的表达及临床预后意义[J]. 李岩,王伟.  国际肿瘤学杂志. 2018 (11)



本文编号：3525125