胎盘组织中6mA基因修饰在子痫前期发病中的作用

发布时间：2021-12-10 21:38

　　目的:分析胎盘组织中DNA N6-甲基腺嘌呤（6mA）基因修饰在子痫前期及正常妊娠胎盘组织中的差异表达及相关分子机制,以探讨6mA在子痫前期发病中的作用。方法:收集子痫前期患者与正常对照产妇的胎盘组织,分别提取胎盘滋养细胞中的基因组DNA。将其DNA片段化至100-500bp,采用Ch IP-seq等实验技术对全基因组DNA进行免疫共沉淀,分离基因组的DNA片段。随后,经PCR扩增和片段筛选,构建文库。对已质控的文库进行高通量测序及数据分析,构建子痫前期胎盘组织全基因组6mA甲基化修饰图谱,分析其生物学信息,初步探索6mA与子痫前期之间的关系。最后通过RT-PCR法验证差异基因的表达水平。结果:（1）读长（Reads）结果显示,子痫前期唯一、去重复后的读长数量（115084349）高于正常对照组（112026034）。富集区域（Peaks）分析结果显示,子痫前期胎盘组织中峰（peak）个数（92064）却低于正常对照组（126487）。（2）子痫前期和正常对照组相同基因数量为41924个,子痫前期组特有基因为45625个,正常对照组为78226个。子痫前期组Gene Ontology（... 

【文章来源】：暨南大学广东省 211工程院校

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【学位级别】：硕士

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mA和5mC结构图

暨南大学硕士学位论文4存在6mA修饰的基因数目多于正常皮肤组织，其差异基因参与调控干细胞的增殖与分化、中胚层的发育和分化等[32]。早在30多年前就有研究报道人胎盘组织中存在6mA基因修饰，但因检测手段受限，难以进行深入研究，故一直未引起重视[33]。基于DNA甲基化与子痫前期的关系，本实验推测6mA甲基化修饰可能通过调控绒毛滋养细胞或胚胎干细胞生长、发育相关基因表达，参与子痫前期疾病的发生及发展。因此，本课题将研究6mA基因修饰与子痫前期的关系。本实验将以胎盘组织作为研究对象，采用甲基腺嘌呤免疫共沉淀（6mA-IP-Seq）测序技术对6mA基因修饰进行分析，从表观遗传调控基因表达方面进行阐述。通过表观遗传学的角度深入认识子痫前期的发生及发展过程，为子痫前期的预测及诊治打下坚实的基矗图26mA参与的真核生物基因调控及表达

暨南大学硕士学位论文12CD图3各样本Reads碱基比例分布图A:NC-IP,B:NC-Input,C:PE-IP,D:PE-Input三、比对分析及相关性检验（一）比对分析在实验操作及取样过程中，均有可能引入外源污染，从而降低数据的准确性及可靠性。因此，本实验将过滤后得到的数据与同物种基因组参考序列进行比对，获得定位信息。对于有参考基因组序列的物种，选择使用唯一、去重复后的Reads进行比对，条件设置为允许存在1个错配，统计比对比上Reads的数量和比对率。从统计结果中，可知在PE-IP文库中，定位到基因组唯一定位读长数量为（UniqueMappedReads）115084349个，高于NC-IP文库唯一定位读长数量112026034个。表2样品的比对率统计SamplePE-IPPE-InputNC-IPNC-InputTotalReads145,941,370111,225,490144,544,868119,613,004UniqueMappedReads115,084,34993,465,789112,026,034100,600,507UniqueMappedRatio(%)78.8684.0377.584.1MultiMappedReads26,027,09316,460,32426,468,22217,720,398MultiMappedRatio(%)17.8314.818.3114.81MappedRatio(%)96.6998.8395.8198.92（1）TotalReads：过滤后总的Reads数；（2）UniqueMappedReads：可以比对到基因组唯一位置上的Reads数；（3）UniqueMappedRatio(%)：可以比对到基因组唯一位置的Reads数的比例；

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]Rig-I调控化学缺氧诱导神经胶质炎症机制研究[D]. 李雷.南京医科大学 2018
[2]正常和子痫前期胎盘的DNA甲基化组学研究[D]. 相玉倩.复旦大学 2014

硕士论文
[1]婴幼儿血管瘤的发病机制与DNA腺嘌呤N6甲基化修饰的探讨[D]. 张林峰.山东大学 2018



本文编号：3533437