基于生物信息学筛选红景天苷对大鼠缺血/再灌注神经保护作用的相关基因

发布时间：2021-12-16 12:19

　　目的本研究旨在揭示红景天苷预处理在缺血/再灌注模型中影响的差异表达基因,并确定用于脑卒中治疗的特定且有意义的遗传靶标。方法本研究从高通量基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO）获得了基因表达数据集GSE52001,通过R语言筛选出经红景天苷预处理和未处理的缺血脑组织中的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,并分析了其富集途径。在STRING数据库中构建了蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络,分子复合物检测（Molecular Complex Detection,MCODE）分析筛选得分最高的模块,最后构建了TF-DEGs-microRNA调控网络,并在Cytoscape软件中将其可视化。结果研究总共筛选了250个DEGs,下调了82个基因,上调了168个基因。筛选出的DEGs主要富集在类固醇代谢、激素代谢和炎症反应的生物学过程。通过MCODE分析筛选PPI网络得分最高的模块。最后构建了TF-DEGs-microRNA调控网络,预测出红景天苷参与脑保护... 

【文章来源】：中国药理学通报. 2020,36(12)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 微阵列数据来源和差异基因的筛选
    1.2 差异基因的富集分析
    1.3 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络的构建和可视化以及核心基因的确定
    1.4 TF-DEGs-microRNA网络构建
2 结果
    2.1 差异表达基因
    2.2 差异基因的功能富集分析
    2.3 PPI网络构建和关键模块分析
    2.4 TF-DEGs-microRNA相互作用网络
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]红景天苷抑制补体成分对脑缺血/再灌注大鼠的神经保护作用[J]. 黄鑫,林昱,杨泽霖,张小琴,谢秀利,汪旭雯,唐宇恒,刘俊杰,赖文芳,洪桂祝.  中国药理学通报. 2019(07)
[2]红景天苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织MAPK信号通路的影响[J]. 张小琴,赖文芳,褚克丹,洪桂祝.  福建中医药. 2015(03)



本文编号：3538125