基于生物信息学的结直肠癌关联基因分析

发布时间：2021-12-19 03:32

　　相关基因的遗传变异会增加结直肠癌的风险,对这些基因进行全面分析有着重要的意义。单核苷酸多态性和拷贝数变异是基因结构变异的两种主要方式。本研究旨在系统探讨结直肠癌发生和发展过程中,基因突变、体细胞拷贝数变异与基因表达之间的关系。通过分析来自癌症基因组图谱的基因突变数据、体细胞拷贝数变异、遗传临床信息和基因表达数据,我们获得了45个因为发生了单核苷酸多态性和拷贝数变异而导致表达差异显著的基因。进一步的生物信息学分析结果表明:CNDP1、DLX4、SLC13A5和ZBTB7C是结直肠癌患者潜在的预后生物标志物。 

【文章来源】：池州学院学报. 2020,34(03)

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

CRC患者中突变频率排名前十的基因的突变类型和分布

为了鉴定出坐落在发生CNV的区域内的基因，我们首先得出该区域内拷贝数丢失或扩增的频率，然后将CNV片段映射到人类全基因组（GRCh37/hg19），得到完全重合于该异常区域的基因信息。最后，对这些基因的CNV进行了显著性检验。通过上面的步骤，我们一共得到10,256个CNV差异显著的基因。我们发现每条染色体都普遍存在CNV现象（图2）。图2最外圈是染色体号，内圈是该染色体上的部分CNV分布。内圈里靠近圆心的蓝点表示拷贝数缺失，内圈里靠近外圈附近的黑点表示拷贝数扩增。有趣的是，一些染色体上只发生某一种类型CNV，比如第4、11、14、15、18、21和22染色体号仅发生拷贝数丢失，而第7、12和13号染色体上只存在拷贝数扩增。另外，每一条染色体上发生的CNV的频率也不一样，比如第2号染色体被鉴定出只有一个基因发生CNV，而像第7、9和13条等染色体上基因发生CNV的频率却很大。2.4 两种基因的交集及功能分析

为了研究基因遗传变异对CRC患者的影响，我们对CRC癌组织和癌旁组织的基因表达进行了差异分析，得到2,083个差异表达的mRNA(m RNA的表达谱如图3-A所示）。我们发现，相比在癌旁组织中的表达，有1889个mRNA的表达显著下调，占整个差异表达基因的91%，表明在CRC发生和发展过程中，参与到这个过程中的基因的表达量出现普遍下调的趋势。我们对2,083个差异表达的基因、2710个发生SNP的基因和10,256个CNV差异显著的基因取交集，得到了45个基因。对这些候选关键基因进行GO分析，发现它们在9个GO条目上富集（p<0.01，图3-B mRNA的GO富集分析）。同时，我们对它们进行蛋白质互作网络分析，正如图3-C mRNA的蛋白质互作网络分析所示，这45个基因之间表现出丰富的相互作用关系，而它们之间的关系主要是基于共同表达和共享蛋白区域等。2.5 生存分析


本文编号：3543687