虎皮鱼PtScd1基因序列、功能与表达分析

发布时间：2021-12-23 21:17

　　将体长5～7 cm的虎皮鱼饲养在30 L的养殖缸中,每缸30尾。水温自27℃起,每24 h降温4℃,第4 d再降温2℃,即各试验组的水温分别为23、19、15、13℃,对照组水温保持27℃。每组3个平行。每组水温维持24 h后,每缸随机取3尾鱼,用间氨基苯甲酸乙脂甲磺酸盐溶液麻醉后,解剖脑、鳃、肝脏和肌肉组织,液氮速冻,-80℃超低温冰箱保存备用。利用CODEHOP软件设计简并引物,PCR扩增到一段虎皮鱼硬脂酰辅酶A去饱和酶（SCD）基因（PtScd1基因）保守序列,用RACE克隆和序列拼接获得PtScd1基因cDNA序列。试验结果显示,PtScd1基因cDNA序列全长1338 bp,ORFfinder预测开放阅读框长度981个核苷酸,编码326个氨基酸。根据保守结构域数据库预测PtSCD1蛋白氨基酸序列含有高度保守的脂肪酸去饱和酶结构域,Swiss-Model同源建模发现蛋白质三维结构存在2个高度保守的锌离子结合位点（可能与双铁离子结合）,2个配体结合位点,但是其序列保守性很差。PtSCD1蛋白可能在脂肪酸链delta9位置引入双链,催化生成单不饱和脂肪酸。实时荧光定量PCR技术检测... 

【文章来源】：水产科学. 2020,39(06)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

虎皮鱼梯度低温胁迫与取样流程

Swiss-Model同源建模发现,PtSCD1蛋白与4ymk.1.A(PDB,2019-08-02)序列同源性高达63.34%,属于单体蛋白,序列相似性为0.5,比对范围氨基酸序列第6～326位,覆盖度95%,序列比对表明,其蛋白功能为酰基辅酶A去饱和酶1。根据其三维结构(图4),预测PtSCD1蛋白有2个高度保守的锌离子结合位点,有2个配体结合位点,分别和硬脂酰辅酶A(ST9)、(Z)-十八碳-9-羟基-(2R)-2,3-二氧氮自由基丙酸(MPG)结合,但是这2个配体的结合位点序列保守性很差。图3 蛋白质保守结构域预测结果

蛋白质保守结构域预测结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]虎皮鱼热激蛋白PtHsp70基因序列与低温表达分析[J]. 刘丽丽,王晓雯,朱建亚,张蓉,朱华,田照辉.  水产科学. 2019(06)
[2]鱼类低温耐受机制与功能基因研究进展[J]. 刘丽丽,朱华,闫艳春,王晓雯,张蓉,朱建亚.  生物技术通报. 2018(08)
[3]硬脂酰辅酶A去饱和酶基因结构功能、调控因子及在鱼类上的研究进展[J]. 马昕羽,强俊,徐跑,何杰.  江苏农业科学. 2015(12)
[4]建鲤两种Δ6脂肪酸去饱和酶基因克隆与表达[J]. 任洪涛,俞菊华,徐跑,唐永凯,李红霞,李建林.  中国生物化学与分子生物学报. 2012(07)

硕士论文
[1]吉富罗非鱼硬脂酰辅酶A去饱和酶（SCD）基因的克隆及温度与饲料脂肪源对其表达的研究[D]. 马昕羽.南京农业大学 2016
[2]大黄鱼硬脂酰辅酶A去饱和酶-1（SCD1）基因的克隆与鉴定及在低温条件下对膜流动性影响[D]. 刘浩.浙江海洋学院 2015



本文编号：3549204