广州地区丙型肝炎病毒主要基因型E1蛋白胞外域序列分析

发布时间：2022-01-20 20:03

　　目的了解广州地区丙型肝炎病毒（HCV）主要流行基因型E1蛋白胞外域氨基酸序列突变特征。方法采集2012-2018年380例广州地区HCV感染者血液标本,使用试剂盒提取HCV RNA,进行Core/E1区序列巢式PCR扩增和测序,采用Mega 7.0构建系统进化树进行基因分型,对广州地区流行的HCV主要基因型的E1胞外域部分序列进行氨基酸翻译和构建共有序列,利用生物信息软件、统计软件分析HCV E1胞外域氨基酸位点突变的分布特征、替换模式及与宿主免疫的关系。结果广州地区HCV主要流行基因型为1b和6a,分别占38.68%和41.84%;1b和6a基因型E1蛋白胞外域（aa 192-320）发生突变的氨基酸位点分别有62个（48.1%）和60个（46.5%）,差异无统计学意义（χ2=2.04,P>0.05）;突变主要发生在aa 192-260区段,1b型的高度突变位点（突变率≥20%）比较分散,6a型则集中在aa231-243区段;高度突变位点均处于免疫表位区,BLOSUM评分显示大部分突变位点氨基酸替换模式为保守性替换。结论 HCV基因型1b和6a蛋白E1胞外域的高度突变位点主要位... 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2020,15(11)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

氨基酸位点替换类型及频率分布堆积条图

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3599436