非小细胞肺癌预后基因的筛选及鉴定

发布时间：2022-01-21 20:19

　　目的筛选非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）预后的关键基因,并对其进行生物信息学分析及鉴定。方法从公共数据库基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）中下载NSCLC cDNA芯片集GSE19188、GSE101929、GSE40275、GSE18842,利用在线工具GEO2R对差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）进行筛选,并用Venny取交集。基于DAVID数据库对DEGs进行GO（Gene Ontology）分析及KEGG（Kyoto Encyclopedia of Gene and Genome）通路分析,运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络。使用CytoHubba插件鉴定核心关键基因,并对其生存分析和表达检测。结果 4个cDNA芯片集中共筛选得到130个差异表达基因,包括53个上调表达基因和77个下调表达基因。这些差异表达的基因主要集中在胞浆和细胞外区域,所参与的主要是细胞周期调控、有丝分裂、微管运动相关信号。筛选出的处于核心地位... 

【文章来源】：中国生物制品学杂志. 2020,33(10)CSCD

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【部分图文】：

4个数据集中显示共同差异表达的基因

分析结果显示，这些差异表达基因其细胞定位主要集中于微管、外泌体、胞浆和细胞外区域；分子功能主要集中于微管运动活性、ATP结合及钙离子活性调节方面；发挥的生物学作用主要集中于微管运动调节、细胞有丝分裂调控、细胞因子活性调节方面；而参与的信号通路也多集中于细胞周期、p53信号通路、细胞黏附分子（cell adhesion molecules,CAMs）和ECM-受体相互作用方面。见图2和表2。2.3 20个核心位置基因的筛选

将共表达的所有130个差异表达基因输入STRING制作的基因相关关系图见图3。经Cytoscape 3.6.0软件分析挑选的作为核心基因的与周围基因关联度最强的前20个基因包括：UBE2C、TTK、CEP55、ASPM、PRC1、CCNB2、CCNA2、CCNB1、CDC6、KIF11、KIAA0101、TPX2、AURKA、RRM2、TOP2A、NUSAP1、PBK、BUB1、BUB1B和MELK，见图4。2.4 核心位置基因生存分析


本文编号：3600895