基于基因共表达网络分析的三阴性乳腺癌预后相关基因与铂应答靶点关系的研究

发布时间：2022-01-25 00:20

　　目的:作为一种常规新辅助化疗方案,铂在三阴性乳腺癌中发挥效用的机制尚不明确,预测三阴性乳腺癌铂应答的基因标志物意义重大,有助于筛选适宜铂类药物的患者,提高铂类药物的治疗效果。本研究拟通过构建基因共表达网络,筛选铂药影响三阴性乳腺癌预后的基因标志物,梳理铂药在此过程中的调控机理。方法:从美国癌症基因图谱计划（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库下载乳腺癌基因表达数据和相应的临床资料,使用mclust聚类算法识别其中的三阴性乳腺癌样本。采用edgeR和DESeq2两种方法对样本进行三阴性/非三阴性,三阴性/正常双水平的差异表达分析。进而基于加权基因共表达网络分析（Weighted Gene CoExpression Network Analysis,WGCNA）方法构建三阴性乳腺癌差异基因共表达网络,筛选网络中预后相关模块。在此基础上,结合文本挖掘的方法预测三阴性乳腺癌中铂应答靶点,并借助竞争性内源RNA（competitive endogenous RNA,ceRNA）假说解读转录水平的调控机制。结果:本研究共识别出176例三阴性乳腺癌样本,通过差异分析得到了... 

【文章来源】：中国医科大学辽宁省

【文章页数】：57 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

IHC结果

RNA 和 1553 个 miRNA。乳腺癌相关文献[32]，选择了 14 个具有研究意义的临床特、PR 状态、HER-2 状态、人种、绝经状态、TNM 分期期、组织学类型、手术类型和淋巴结转移状态。其中，当，存活或仍未发生新肿瘤事件时（未发生结局事件），以事件为相应的生存时间。本聚类 mclust 聚类的八种子模型结果（如图 3.1 所示），采纳准。结果表明（如图 3.2 所示），单纯使用 IHC 判断样本，10在 387 例未知样本，111 例三阴性乳腺癌，579 例非三阴性和 mclust 聚类后，获得 176 例三阴性乳腺癌，901 例非三

图 3.2 mclust 聚类前后变化3.3 差异分析结果为了鉴别三阴性乳腺癌特异表达基因，我们采用 DESeq2 和 edgeR 对来自乳腺癌的 1181 例样本（176 例三阴性乳腺样本，901 例非三阴性乳腺癌样本，104例正常配对样本）按照 Triple/NonTriple 和 Triple/Normal 分别进行差异分析。mRNA 方面，在 DESeq2 中筛选出 2223 个差异表达基因，在 edgeR 中筛选出 2244 个差异表达基因。两种方法中共有的基因 1899 个，其中在两次差异分析中都上调的基因 1244 个；在两次差异分析都下调的基因 546 个；在Triple/NonTriple 分 析 中 上 调 而 在 Triple/Normal 下 调 的 基 因 4 个 ； 在Triple/NonTriple 分析中下调而在 Triple/Normal 上调的基因 105 个。lncRNA 方面，在 DESeq2 中筛选出 1713 个差异表达基因，在 edgeR 中筛选出 1341 个差异表达基因。两种方法中共有的基因 1088 个，其中在两次差异分析

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
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本文编号：3607561