板栗STP家族基因鉴定与分析

发布时间：2022-10-15 19:18

　　【目的】糖转运蛋白基因STP（SUGAR TRANSPORT PROTEIN）是质外体单糖转运到细胞内的关键基因。糖分运输和分配对于板栗的花芽分化和果实品质形成具有重要意义。为了了解板栗中STP基因家族信息、功能和表达模式。【方法】使用HMM3.0软件,基于STP的隐马尔科夫模型,在板栗基因组数据库中,鉴定板栗CmSTP家族成员。利用TBtools、ExPASy、MEME等软件对CmSTP基因结构、编码蛋白理化性质、结构域和系统进化关系进行分析。并从板不同时期栗混合芽转录组数据中提取CmSTP的表达量,分析其表达模式。【结果】板栗基因组中共有17个STP家族成员,开放阅读框长度为843～1584 bp;编码蛋白分子量,介于32 122.5～57 788.3 Da,等电点介于5.46～10.46,均定位于细胞膜上,跨膜结构域大多为8～12个。CmSTP家族成员中共有10个保守motif,其中Motif1,Motif3和Motif5同时存在于17个CmSTP蛋白中,其余motif在N端或C端存在不同程度的缺失。根据进化关系,可将CmSTP分为4类,其中Group III和Group IV中... 

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 板栗基因组STP家族成员的鉴定
    1.2 板栗STP家族基因结构、保守基序分析和进化分析
    1.3 板栗STP家族蛋白理化特性分析
    1.4 板栗STP家族基因表达模式分析
2 结果与分析
    2.1 板栗STP基因鉴定
    2.2 板栗STP结构特征
        2.2.1 板栗STP基因结构分析
        2.2.2 板栗STP蛋白保守基序分析
        2.2.3 板栗STP蛋白二级结构分析
        2.2.4 板栗STP蛋白跨膜结构域及亚细胞定位预测
    2.3 板栗STP系统进化分析
    2.4 板栗STP基因表达模式分析
3 讨 论
4 结 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]促进板栗雌花芽分化的研究[J]. 陈建华,何钢,李志辉,杨模华.  中南林学院学报. 2002(01)
[2]板栗雌花芽临界分化期营养物质含量的变化[J]. 陈在新,王学明,李金秋,李晓明.  安徽农业科学. 2010(14)
[3]板栗花芽性别调控研究进展[J]. 邱文明,何秀娟,徐育海.  果树学报. 2015(01)
[4]植物SWEET基因家族结构、功能及调控研究进展[J]. 胡丽萍,张峰,徐惠,刘光敏,王亚钦,何洪巨.  生物技术通报. 2017(04)
[5]高粱糖转运蛋白基因家族全基因组鉴定、分类及表达分析[J]. 徐志军,刘洋,徐磊,安东升.  华北农学报. 2019(05)
[6]影响板栗雌雄花序形成因子的研究[J]. 夏仁学,马梦亭.  果树科学. 1989(02)
[7]板栗碳素营养与花性的表现[J]. 徐娟,夏仁学,李国怀,马梦亭.  华中农业大学学报. 1998(02)



本文编号：3691881