多鳞鱚phds基因家族序列特征及其在低氧胁迫后表达变化

发布时间：2022-12-18 17:25

　　【目的】分析多鳞鱚（Sillago sihama）脯氨酸羟化酶（prolyl hydroxylases, Phds）基因家族序列特征,探讨其在低氧响应过程的作用。【方法】通过硬骨鱼类phds基因,在多鳞鱚转录组和基因组数据中比对筛选多鳞鱚phds基因。对多鳞鱚Phds蛋白序列进行结构域预测、系统进化和共线性分析等。采用实时荧光定量PCR检测phds基因在低氧胁迫和复氧后的表达变化。【结果】在多鳞鱚基因组中共鉴定到三个phds基因,分别是phd1、phd2和phd3,开放阅读框（ORF）全长分别为1 635、1 092、723 bp,分别编码544、363、240个氨基酸。结构域预测表明,多鳞鱚Phd1、Phd2、Phd3蛋白均含有P4Hc保守结构域。系统进化分析发现,多鳞鱚Phds均与大黄鱼（Larimichthys crocea）亲缘关系最近。共线性分析表明,多鳞鱚phds与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）上下游基因高度一致。phd1、phd2在低氧处理4 h鳃组织中m RNA表达显著高于常氧组（P ＜0.05）,但在心脏中无显著性差异（P＞ 0.05）;ph... 

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 多鳞鱚phds基因鉴定
    1.2 多鳞鱚phds基因序列分析
    1.3 phds基因系统进化树构建与结构分析
    1.4 phds基因共线性分析
    1.5 实验动物和低氧胁迫处理
    1.6 RNA提取和逆转录
    1.7 实时荧光定量PCR(q PCR）检测
2 结果分析
    2.1 多鳞鱚phds基因的鉴定和序列分析
    2.2 phds基因系统进化分析
    2.3 phds基因结构分析
    2.4 phds基因共线性分析
    2.5 低氧胁迫处理后多鳞鱚phds基因表达变化
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]低氧信号传导途径与鱼类低氧适应[J]. 肖武汉.  中国科学:生命科学. 2014(12)
[2]多鳞鱚Sillago sihama Forskál人工繁殖研究[J]. 黄洋,杜涛,黄海立.  广东海洋大学学报. 2013(01)
[3]多鳞鱚采捕暂养的初步研究[J]. 杜涛,黄洋,曹剑香.  养殖与饲料. 2009(10)
[4]多鳞(鱼喜)生物学特性及室内养殖试验[J]. 杜涛,黄洋.  水产养殖. 2009(03)
[5]低氧诱导因子及其低氧调节机制[J]. 李福祥,全燕,夏前明.  中国临床康复. 2004(30)

博士论文
[1]团头鲂phds基因家族参与低氧应答的分子机理解析[D]. 陈楠.华中农业大学 2017

硕士论文
[1]鱚科几种鱼类的形态学及遗传学研究[D]. 薛泰强.中国海洋大学 2010



本文编号：3722459