利用转录组分析款冬萜类化合物生物合成关键酶基因及表达特征

发布时间：2023-02-20 15:58

　　目的挖掘与款冬萜类化合物生物合成途径相关的关键酶基因。方法利用Illumina HiSeq2500测序平台对野生款冬花蕾和叶进行转录组测序,使用Trinity软件de novo从头组装,并通过基因功能注释、差异表达基因分析等生物信息学方法进行分析,挖掘款冬中萜类化合物生物合成途径相关的酶基因。结果转录组测序获得39 912 371条高质量reads(SRA号:SRR9113366,SRR9113367),组装获得91 118条Unigene,55 830条Unigene在NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG等数据库得到注释。鉴定出参与款冬萜类化合物生物合成相关酶基因的129个Unigene,包括91个参与三萜骨架生物合成酶基因,32个萜类合成酶基因,6个细胞色素P450基因,其中差异表达基因25个,涉及上游MVA途径的4个差异基因在花蕾中表达量高于叶,MEP途径的5个差异基因在叶中表达高于花蕾,另外还有10个基因在叶中高表达,9个基因在花蕾中高表达。根据差异基因HMGR、TPS、AS、CYP450基因在花蕾中高表达,推测可能与花蕾中萜类物质含量高有关。结论从款冬转录组数据...

【文章页数】：9 页

【文章目录】：
1 材料
2 方法
    2.1 总RNA提取
    2.2 文库构建、转录组测序和数据组装
    2.3 功能注释
    2.4 基因差异表达分析
3 结果与分析
    3.1 转录组测序与数据组装
    3.2 Unigene功能注释
        3.2.1 序列功能注释
        3.2.2 GO分类
        3.2.3 COG注释
        3.2.4 KEGG代谢途径注释
    3.3 款冬花蕾和叶差异表达基因分析
    3.4 参与萜类化合物生物合成相关酶基因的筛选
4讨论



本文编号：3746962