克雷伯菌属CRISPR-Cas系统基因结构的分析及其与耐药性的关系

发布时间：2023-02-27 19:27

　　目的克雷伯菌属(Klebsiella)为无芽胞、无鞭毛的革兰阴性杆菌,主要包括肺炎克雷伯菌和产酸克雷伯菌等,常寄生于人或动物呼吸道及肠道,是引起人类肺炎的病原菌之一,此外还可导致子宫炎、乳房炎及其他化脓性炎症,甚至败血症。近年来,克雷伯菌属细菌的耐药性逐年增高,甚至出现了泛耐药菌株,给临床感染的控制和治疗带来严峻的挑战。CRISPR-Cas系统是细菌基因组中可抵御外源遗传物质入侵的适应性免疫防御系统。本研究旨在对克雷伯菌属细菌基因组中CRISPR-Cas系统的分布概况及其基因结构等进行系统的分析,并以临床常见的肺炎克雷伯菌为研究对象探讨CRISPR-Cas系统与细菌耐药性之间的关系,为控制细菌间耐药基因的水平传播提供新的思路。方法本研究主要分为两部分。第一部分研究中,部分克雷伯菌的CRISPR阵列信息直接收集于CRISPRdb数据库,其余NCBI下载的细菌的CRISPR基因座的查找通过CRISPRFinder进行;cas基因的查找均通过CRISPR-Cas Finder进行。利用MEGA7.0对所有cas基因及重复序列进行多序列比对和遗传进化分析,并构建系统发育树。重复序列的系统发育分...

【文章页数】：78 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
引言
第一部分 克雷伯菌属CRISPR-Cas系统基因结构的生物信息学分析
    1.材料与方法
        1.1 菌株来源
        1.2 CRISPR-Cas系统的查找与鉴定
        1.3 cas基因的分析
        1.4 重复序列的分析
        1.5 间隔序列的同源性分析
        1.6 前导序列的分析
        1.7 克雷伯菌属MLST分型
        1.8 耐药基因的查找及统计学分析
    2.结果
        2.1 克雷伯菌基因组中CRISPR-Cas系统的分布概况
        2.2 cas基因的分布与分析
        2.3 重复序列的分析
        2.4 间隔序列同源性分析
        2.5 前导序列的分析
        2.6 MLST分型与CRISPR分型的关系
            2.6.1 肺炎克雷伯菌MLST分型
        2.7 CRISPR系统与细菌耐药性的关系
    3.讨论
第二部分 肺炎克雷伯菌临床分离株CRISPR-Cas系统的分析及其与耐药表型的关系研究
    1.材料与仪器
        1.1 菌株来源
        1.2 主要试剂
        1.3 主要仪器
    2.方法
        2.1 肺炎克雷伯菌临床分离株的分离鉴定及药物敏感性检测
        2.2 肺炎克雷伯菌菌株保存
        2.3 肺炎克雷伯菌基因组DNA的提取
        2.4 设计引物
        2.5 PCR扩增cas1 基因
        2.6 CRISPR系统与肺炎克雷伯菌耐药表型的关系
    3.结果
        3.1 肺炎克雷伯菌cas1 基因PCR扩增结果
        3.2 肺炎克雷伯菌耐药表型与CRISPR系统的关系
            3.2.1 肺炎克雷伯菌临床分离株耐药表型分析
            3.2.2 CRISPR系统与肺炎克雷伯菌耐药表型之间的关系
    4.讨论
结论
参考文献
综述:细菌CRISPR-Cas系统的生物信息学分析的研究进展
    综述参考文献
攻读学位期间的研究成果
致谢



本文编号：3751307