口腔鳞状细胞癌预后相关基因标志物的生物信息学分析

发布时间：2023-04-05 02:47

　　目的:本课题利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的基因芯片识别口腔鳞状细胞癌组织与癌旁组织显著差异表达的基因,以获得新的生物标志物或潜在口腔鳞状细胞癌治疗靶点。方法:通过公用数据库GEO提供的在线分析工具GEO2R对GSE23558、GSE37991和GSE138206的基因表达谱进行分析。在每个GEO数据集中筛选差异表达基因后,在口腔鳞状细胞癌组织中获得212个差异表达基因。利用京都基因与基因组百科全书和基因本体论进行富集分析,探讨上述差异表达基因的生物学功能和参与的信号通路。构建蛋白-蛋白相互作用网络后将数据导入Cytoscape软件寻找核心基因并将其可视化。从Kaplan Meier-plotter数据库中分析核心基因与头颈部鳞状细胞癌患者相应的总体生存信息。最终利用GEPIA数据库对与生存率密切相关的候选基因表达进行验证。结果:通过上述方法,我们成功筛选出212个差异表达基因,与癌旁组织相比口腔鳞状细胞癌中表达上调的基因为74个,表达下调的基因为138个。核心基因16个,其中与口腔鳞状细胞癌预后密切相关的基因有6个,分别为极光激酶A...

【文章页数】：42 页

【学位级别】：硕士

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前言
1 材料与方法
    1.1 研究背景
    1.2 生物信息学数据库的介绍
    1.3 差异基因的筛选
    1.4 差异基因的生物信息学分析
2 结果
    2.1 差异表达基因筛选结果
    2.2 GO和 KEGG富集结果
    2.3 蛋白质互作网络图
    2.4 核心基因的预后分析
3 讨论
4 结论
参考文献
综述
    参考文献
附录
致谢
在学期间承担/参与的科研课题与研究成果
个人简历



本文编号：3782575