基于加权基因共表达网络分析和分子对接分析荔枝核干预结肠腺癌的黄酮类成分及靶点

发布时间：2024-05-17 05:39

　　目的探讨荔枝核干预结肠腺癌(COAD)进展和转移的黄酮类成分和作用靶点。方法通过DRAR-CPI和SWISS数据库检索荔枝核中19个黄酮类化合物的潜在作用靶点。从TCGA数据库下载COAD基因表达数据和临床特征数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法建立COAD的基因共表达网络和识别共表达模块,以共表达模块和潜在作用靶点中共同靶点作为化合物干预COAD的作用靶点。通过String数据库进行蛋白互作网络分析、KEGG和GO分析。通过cytoHubba插件提取Hub基因作为COAD潜在生物标志物,通过Cytoscape建立成分、靶点、通路的互作网络。HPA数据库验证潜在生物标志物的表达,通过分子对接技术虚拟筛选与潜在生物标志物作用的化合物。结果经WGCNA分析得到18个共表达模块,其中7个模块与生存时间、肿瘤分期等临床特征相关,turquoise模块与COAD进展转移相关。荔枝核中19个黄酮类化合物作用于380个潜在作用靶点,选择与turquoise模块重复的34个靶点作为作用靶点,GO分析结果显示作用靶点富在304个GO条目,其中生物过程229条、细胞组成31条、分子功能44条;...

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【部分图文】：

图1荔枝核黄酮类化合物的“靶点-通路-疾病”网络图

为进一步研究荔枝核中黄酮类化合物治疗CRC的作用制剂，本研究从TCGA中下载并最终筛选出38例癌旁组织、367例COAD组织的基因表达原始数据。如图2所示，共得到5392个差异表达基因，其中上调2815个（右侧）、下调2577个（左侧）。图2COAD差异表达基因火山图

图2COAD差异表达基因火山图

图1荔枝核黄酮类化合物的“靶点-通路-疾病”网络图2.3基因模块选择和化合物作用靶点的确定

图3COAD样本聚类结果及对应的样本临床信息

根据基因差异表达数据和临床特征数据使用R语言中WGCNA包绘制样本树状图，如图3所示。选择性别、生存状态、生存时间、年龄、TNM分期、N分期（淋巴转移情况）、T分期共7个临床特征进行相关性分析。为符合无尺度网络，设软阈值β=5，通过层次聚类和基于最小模块至少30个基因的动态分支切....

图4COAD差异表达基因聚类树状图

图3COAD样本聚类结果及对应的样本临床信息图5基因模块与临床表征相关性热图

本文编号：3975462