牦牛CAPN1基因多态性及与胴体和肉质性状关联研究

发布时间：2017-07-07 02:06

  本文关键词：牦牛CAPN1基因多态性及与胴体和肉质性状关联研究

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【摘要】：钙蛋白酶(CAPN)是一种依赖于钙离子的中性半胱氨酸内肽酶,存在于几乎所有真核生物中。CAPN1属钙蛋白酶家族,在动物宰后肌肉成熟嫩化过程中起主要作用。本研究以牦牛CAPN1基因作为候选基因,运用PCR-SSCP技术检测甘南牦牛、大通牦牛及天祝白牦牛CAPN1基因第1、13和14内含子区突变,分析检测区域遗传多态性及其与甘南牦牛的胴体及肉质性状的关联性。主要研究结果为:(1)甘南牦牛、大通牦牛及天祝白牦牛CAPN1基因第1内含子区存在g.100+606GT的SNP,检测到M、N两种等位基因;第13内含子区存在g.22229+28GA和g.22229+52CA的SNPs位点,发现E、F、G 3种等位基因;第14含子区检测到g.22369+24CT、g.22369+80TC和g.22369+103TC的3个SNPs位点,形成4种等位基因A、B、C和D。3牦牛类群CAPN1基因检测区域表现为中度多态。(2)牦牛CAPN1基因“第1内含子-第13内含子”、“第1内含子-第14内含子”及“第13内含子-第14内含子”区域分别构建6种、8种和11种单倍型。各类型单倍型的D?为0.031-0.165,r2为0.001-0.020,即处于连锁不平衡状态。(3)CAPN1基因第1内含子突变影响部分年龄段甘南牦牛的肌肉嫩度、眼肌面积和失水率。MM基因型个体肌肉嫩度剪切力值较低而眼肌面积较高,其中3岁牦牛MM型个体嫩度剪切力值显著低于NN和MN型(P0.05),5岁甘南牦牛MM和NN型个体嫩度显著低于MN型(P0.05)。4~5岁牦牛MM型个体眼肌面积显著大于NN型,携带等位基因N的个体其眼肌面积均较低,其中4岁牦牛携带等位基因N的个体眼肌面积显著低于未携带者(P0.05)。3~6岁牦牛MM型个体肌肉失水率均较高,其中6岁牦牛MM型个体失水率显著高于NN和MN型(P0.05);携带等位基因N的个体失水率均较低,即等位基因N能增加牦牛屠宰后的肌肉保水性。(4)CAPN1基因第13内含子突变影响甘南牦牛眼肌面积和熟肉率。4岁牦牛EE型个体眼肌面积显著大于FF和EF型(P0.05),6岁牦牛EF型个体显著大于EG型(P0.05);携带等位基因E或缺失等位基因F均能在一定程度增加甘南牦牛眼肌面积。6岁牦牛EE和EF型个体熟肉率显著低于FF和EG型(P0.05),而携带等位基因E的个体熟肉率显著低于未携带个体(P0.05)。(5)CAPN1基因第14内含子突变影响甘南牦牛肌肉嫩度和胴体重。3岁牦牛AA型个体嫩度剪切力值显著低于CC型(P0.05),6岁牦牛AA、BB和AB型个体嫩度显著低于CC型(P0.05),5岁牦牛AB型个体显著高于CC型(P0.05)。4岁牦牛CC型个体胴体重显著高于其他基因型(P0.05),5岁牦牛CC型个体胴体重显著高于AB型和AC型个体(P0.05);等位基因C有增加牦牛胴体重的趋势,其中5岁牦牛携带等位基因C的个体胴体重显著高于未携带个体(P0.05)。
【关键词】：牦牛 CAPN1基因 多态性 胴体性状 肉质性状
【学位授予单位】：甘肃农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S823.85
【目录】：

• 摘要4-6
• Summary6-11
• 第一章 文献综述11-19
• 1 普通牛及牦牛胴体和肉质性状分子遗传研究11-14
• 1.1 胴体性状候选基因12-13
• 1.2 肉质性状候选基因13-14
• 2 本研究检测的候选基因14-18
• 2.1 钙蛋白酶系统14
• 2.2 Calpain的作用机理14-16
• 2.3 CAPN1基因研究进展16-18
• 3 本研究的目的和意义18-19
• 第二章 材料与方法19-26
• 1 试验材料19-20
• 1.1 试验牦牛样品19
• 1.2 主要仪器设备19
• 1.3 主要试剂19-20
• 1.4 主要溶液的配制20
• 2 试验方法20-24
• 2.1 牦牛胴体及肉质性状测定20-21
• 2.2 基因组DNA的提取21
• 2.3 引物设计与PCR扩增21-22
• 2.4 SSCP电泳条件优化22-24
• 3 数据统计分析24-26
• 3.1 统计分析软件24
• 3.2 基因多态性数据分析方法24-25
• 3.3 候选基因突变与胴体及肉质性状测定值的相关分析25-26
• 第三章 结果与分析26-41
• 1 牦牛CAPN1基因PCR扩增26-27
• 2 牦牛CAPN1基因SSCP检测27-28
• 3 牦牛CAPN1基因等位基因序列比对28-30
• 3.1 牦牛CAPN1基因P1引物等位基因序列比对28
• 3.2 牦牛CAPN1基因P5引物等位基因序列比对28-29
• 3.3 牦牛CAPN1基因P6引物等位基因序列比对29-30
• 4 各类群牦牛CAPN1基因遗传多态性30-31
• 4.1 牦牛CAPN1基因第1内含子多态性30
• 4.2 牦牛CAPN1基因第13外显子-第13内含子多态性分析30-31
• 4.3 牦牛CAPN1基因第14外显子-第14内含子多态性分析31
• 5 牦牛CAPN1基因单倍型分析31-33
• 6 牦牛CAPN1基因突变与胴体及肉质性状关联分析33-41
• 6.1 甘南牦牛CAPN1基因第1内含子突变与胴体及肉质性状相关性分析33-36
• 6.2 甘南牦牛CAPN1基因第13内含子突变与胴体及肉质性状相关性分析36-38
• 6.3 甘南牦牛CAPN1基因第14内含子突变与胴体及肉质性状相关性分析38-41
• 第四章 讨论41-45
• 1 牦牛CAPN1基因第 1、13、14内含子区多态性较丰富41-42
• 2 牦牛CAPN1基因单倍型丰富且连锁不平衡42
• 3 CAPN1基因突变影响甘南牦牛部分肉质性状及胴体性状42-45
• 3.1 CAPN1基因影响甘南牦牛肌肉嫩度42-43
• 3.2 CAPN1基因突变与部分年龄段甘南牦牛肌肉保水性关联43
• 3.3 CAPN1基因影响甘南牦牛熟肉率43
• 3.4 CAPN1基因与甘南牦牛眼肌面积和胴体重的关系43-45
• 第五章 结论45-46
• 参考文献46-53
• 附录53-56
• 1 主要溶液的配制53-54
• 2 苯酚-氯仿法提取基因组DNA54-55
• 3 切胶测序55-56
• 致谢56-57
• 作者简介57-58
• 导师简介58-59

【参考文献】

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本文编号：528501