面向多肽的分子对接算法性能对比研究

发布时间：2018-09-17 18:49

【摘要】：蛋白质-多肽间相互作用是计算生物学中的热门方向,对其结合的精确预测对于了解体内复杂的信号通路以及蛋白质功能,及进一步进行药物设计有着至关重要的作用。蛋白质-多肽对接方法能够有效地模拟蛋白质-多肽间相互作用,其对接性能直接决定模拟实验的准确性和成功与否。针对当前主要的蛋白质-多肽对接方法,综合测试了其算法性能;同时将本实验室开发的基于全信息粒子群算法的分子对接工具FIPSDock(Fully-Informed-ParticleSwarm-Dock)延伸到蛋白质-多肽对接领域,并评估其性能。利用标准蛋白质-多肽对接数据集(pepti DB)的21个测试例及13个定制测试例进行性能测试,主要对比分析了各算法的成功率和对接精度。结果表明FIPSDock可用于蛋白质-多肽对接,并相对于其他对接算法展示出优异的性能。
[Abstract]:Protein-polypeptide interaction is a hot topic in computational biology. Accurate prediction of its binding is essential for understanding complex signaling pathways and protein functions in vivo and for further drug design. The protein-polypeptide docking method can simulate the protein-polypeptide interaction effectively, and its docking performance directly determines the accuracy and success of the simulation experiment. Aiming at the main protein-polypeptide docking methods, the performance of the algorithm is comprehensively tested, and the molecular docking tool FIPSDock (Fully-Informed-ParticleSwarm-Dock) based on full information particle swarm optimization is extended to the protein-polypeptide docking field. And evaluate its performance. Using 21 test cases and 13 custom test cases of standard protein-polypeptide docking data set (pepti DB), the success rate and docking accuracy of each algorithm are compared and analyzed. The results show that FIPSDock can be used for protein-polypeptide docking, and shows excellent performance compared with other docking algorithms.
【作者单位】： 大连理工大学软件学院;大连理工大学IT服务工程与管理研究所;大连理工大学生命科学与技术学院;
【基金】：国家自然科学基金委员会与中国民用航空局联合资助项目(No.U1233110) 中央高校基本科研业务费(No.DUT13JR01)
【分类号】：Q811.4;TP18

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本文编号：2246792