一种通用的基于NSP5基因的A组轮状病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

发布时间：2018-04-29 09:51

  本文选题：轮状病毒 + 实时荧光定量PCR　； 参考：《病毒学报》2017年02期

【摘要】：建立一种通用的检测不同物种来源A组轮状病毒的逆转录实时荧光定量PCR方法(RT-qPCR)。根据轮状病毒保守的NSP5基因的保守序列设计引物和探针,建立并优化RT-qPCR检测体系;同时通过9份轮状病毒毒株和96份临床标本的检测对该方法和目前常用的基于NSP3基因的2种RT-qPCR方法进行灵敏度和检出率的比较。新建立的RT-qPCR方法特异性高,重复性好;与基于NSP3基因的方法相比:(1)在临床标本检测中,检出率无差异;(2)9株培养病毒检测中,NSP5体系可全部检出,两个NSP3对照体系NSP3-1和NSP3-2的检出率分别为78.78%(7/9)和88.89%(8/9);(3)NSP5体系与对照NSP3-1体系灵敏度相当,检测下限比NSP3-2体系低100倍。本研究建立的基于NSP5的荧光定量PCR体系灵敏度高,可检测毒株范围广,为检测不同物种来源的A组轮状病毒提供一种新的选择。
[Abstract]:A universal RT-PCR real-time quantitative PCR method for detecting rotavirus group A from different species was established. According to the conserved sequence of NSP5 gene of rotavirus, primers and probes were designed to establish and optimize the detection system of RT-qPCR. At the same time, the sensitivity and detection rate of 9 rotavirus strains and 96 clinical specimens were compared with the two RT-qPCR methods based on NSP3 gene. Compared with the method based on NSP3 gene, the new RT-qPCR method has high specificity and good reproducibility. The detection rates of NSP3-1 and NSP3-2 in two NSP3 control systems were 78.78 / 7 / 9 and 88.89 / 8 / 9 respectively. The sensitivity of NSP5 system was similar to that of control NSP3-1 system, and the detection limit was 100 times lower than that of NSP3-2 system. The fluorescent quantitative PCR system based on NSP5 has high sensitivity and wide detection range, which provides a new choice for detecting group A rotavirus from different species.
【作者单位】： 厦门大学分子疫苗学与分子诊断学国家重点实验室国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心生命科学学院;厦门大学分子疫苗学与分子诊断学国家重点实验室国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心公共卫生学院;重庆医科大学附属儿童医院感染科;
【基金】：国家自然科学基金(项目号:81501741),题目:轮状病毒VP8与VP5抗原区相互作用及解离机制的研究
【分类号】：R440

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本文编号：1819415