厌氧菌鉴定系统比对及脆弱拟杆菌群抗菌药物敏感性和耐药机制研究
发布时间：2020-05-15 01:20
【摘要】：背景:厌氧菌是临床腹腔感染、盆腔感染、胆道感染、复杂性皮肤软组织感染及血流感染常见病原菌,由于其分离培养及鉴定困难,多数临床实验室不常规开展厌氧培养、鉴定和药敏试验。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在临床微生物领域的应用,为提升临床实验厌氧菌鉴定能力提供了契机。除国际主流品牌设备,我国也有国产自主知识产权的微生物MALDI-TOF MS被研发并进入临床应用,但尚无对此类设备厌氧菌的鉴定能力的系统评价。受到培养鉴定技术的限制,对于厌氧菌感染临床通常只能依赖经验性治疗,我国缺少临床分离厌氧菌对常用抗菌药物敏感性方面的资料,因而对其耐药机制及发生率也缺少系统性评价,因而本研究旨在对4种MALDI-TOF MS和VITEK 2 ANC鉴定卡对临床分离厌氧菌的鉴定能力进行比对评估,对厌氧菌中最常见的脆弱拟杆菌群进行抗菌药物体外敏感性测定和耐药机制研究。方法:收集2010年至2017年临床分离厌氧菌及厌氧菌参考菌株,以16S rRNA基因测序作为鉴定参考方法,评价 VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS、Autof MS 1000 和 M-Discover 100四种MALDI-TOF MS及VITEK 2 ANC鉴定卡对临床相关厌氧菌的鉴定能力。选取厌氧菌感染最常见的脆弱拟杆菌群细菌138株,使用美国临床与实验室标准化研究所(CLSI)所推荐的琼脂稀释法,测定其对19种临床常用抗菌药物的体外敏感性。PCR 扩增耐药基因 CfiA IS、cepA、cfxA、nim、ermF、mefA、tetQ 和 tetX,以及脆弱拟杆菌肠毒素基因bft。对14株碳青霉烯类耐药脆弱拟杆菌和3株碳青霉烯类敏感脆弱拟杆菌进行全基因组测序,进行抗菌药物耐药基因、毒力基因分析,与NCBI Genome数据库中7株参考菌株,一起进行SNP分析并构建系统发生树。结果:共收集479株厌氧菌,经16SrRNA基因测序鉴定为25个属、71个种。VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS、Autof MS 1000、M-Discover 100 和 VITEK 2 ANC 鉴定卡在种水平和混合种水平正确鉴定率分别为86.0%、83.7%、92.5%、89.4%和88.6%,在属水平正确鉴定率分别为89.1%、93.9%、99.2%、97.1%和94.2%。5种鉴定系统结果间有统计学差异。在种水平及混合种水平的正确鉴定上,VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS和M-Discover 100三者间没有统计学差异,VITEK 2 ANC鉴定卡分别与VITEK MS及Clin-ToF-Ⅱ MS间没有统计学差异,Autof MS 1000和M-Discover 100间没有统计学差异,Autof MS 1000 分别显著优于 VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS 和 VITEK 2 ANC 鉴定卡(P0.005)、M-Discover 100 显著优于 VITEK 2 ANC 鉴定卡(P0.005)。根据 CLSI 药敏标准,在19种被测抗菌药物中,138株脆弱拟杆菌群菌株对甲硝唑和氯霉素敏感率最高,分别为99.3%和92.8%;其次为碳青霉烯类药物和哌拉西林/他唑巴坦,敏感率为76.8%-79.0%;耐药率最高的是氨苄西林、四环素和克林霉素(89.9%-99.3%)。研究菌株对厄他培南、亚胺培南和美罗培南的耐药率为19.6%-22.5%。脆弱拟杆菌群菌株中 cfiA、IS、cepA、cfxA、nim、ermf、AtetQ、tetX和 bff 基因阳性率分别 37.7%、13.8%、55.1%、33.3%o、0%、77.4%、8.8%、92.8%、11.6%和 0%。全基因组测序菌株中,每株菌发现2-7种耐药基因,14株碳青霉烯耐药菌株均携带cfiA,发现cepA阳性5株、ermF阳性15株、tetQ阳性16株、tetX 阳性1株;分析未发现产毒株。系统发育分析显示14株耐药菌株均在同一cluster,而3株敏感菌株在同一cluster。结论:五种鉴定系统均能满足临床厌氧菌鉴定需求,与国际主流设备VITEK MS相比,3种国产MALDI-TOF MS鉴定能力与之相当或具有显著性优势。临床分离脆弱拟杆菌群菌株对甲硝唑和氯霉素最为敏感,但对包括碳青霉烯类在内的抗菌药物出现多重耐药,且耐药率及耐药基因携带率高于其他国家和我国既往研究报道,应引起临床高度关注。未发现甲硝唑耐药基因nim和肠毒素基因bft阳性菌株。
【图文】：
１．菌株基本信息逡逑研宄共收集来自非重复患者的脆弱拟杆菌群细菌１３８株，其中３４株（２４．６％）逡逑来自急诊患者，１０４株（７５．４％）来自住院患者（图１）。来自住院患者的菌株中，逡逑分离自内科病房、外科病房、重症医学（ＩＣＵ）病房及妇产科病房的菌株数分别为逡逑３５邋株（２５．４％）、３３邋株（２３．９％）、１８邋株（１３．０％）和邋１８邋株（１３．０％）。来自急诊的邋３４逡逑株菌株中，２５株（１８．１％）来自急诊内科患者、６株（４．３％）来自急诊外科患者、３逡逑株（２．２％）来自急诊妇产科患者。来自内科病房的３５株菌株中，２１株（１５．２％）来逡逑自于内分泌科的糖尿病足患者，另有１株来自急诊的菌株也分离自糖尿病足患者，逡逑糖尿病足患者感染部位分离株占总收集菌株数的１５．９％。来自外科病房的３３株菌中逡逑有２４株（１７．４％）来自基本外科，均为盆腹腔或消化道感染患者。来自ＩＣＵ病房的逡逑１８株菌株中，来自内科ＩＣＵ和外科ＩＣＵ各９株，均占总株数的６．５％。来自妇产科病逡逑房的１８株菌株中，１６株（１１．６％）来自妇科患者，２株（１．４％）来自产科患者，，另逡逑有２株分离自急诊妇科患者、１株分离自急诊产科患者，分离自妇科急诊和病房患逡逑者的菌株数共计１８株（１３．１０％）
图２．所有脆弱拟杆菌群菌株、碳青霉烯类敏感菌株和碳青霉烯类不敏感菌株体外抗逡逑菌药物敏感率比较（ＣＬＳＩ抗菌药物敏感性试验标准）逡逑－逦—＾ｉ＝＝ｉ＾ｉ＝＝＝ｉｒ＝ｉＰ逡逑．梦邋０逦S缅澹掊危掊危阱澹掊宕╁澹掊义希掊澹掊澹澹澹澹掊澹掊澹掊澹掊澹澹义稀鲥澹幔欤戾澹簦瑁邋澹椋螅铮欤幔簦澹箦澹ǎ睿剑保常福╁巍鲥澹悖幔颍猓幔穑澹睿澹礤澹螅酰螅悖澹穑簦椋猓欤邋澹ǎ睿剑罚常╁澹悖幔颍猓幔穑澹睿澹礤澹睿铮睿螅酰螅悖澹穑簦椋猓欤邋澹ǎ睿剑叮担╁义
本文编号：2664231
【图文】：
１．菌株基本信息逡逑研宄共收集来自非重复患者的脆弱拟杆菌群细菌１３８株，其中３４株（２４．６％）逡逑来自急诊患者，１０４株（７５．４％）来自住院患者（图１）。来自住院患者的菌株中，逡逑分离自内科病房、外科病房、重症医学（ＩＣＵ）病房及妇产科病房的菌株数分别为逡逑３５邋株（２５．４％）、３３邋株（２３．９％）、１８邋株（１３．０％）和邋１８邋株（１３．０％）。来自急诊的邋３４逡逑株菌株中，２５株（１８．１％）来自急诊内科患者、６株（４．３％）来自急诊外科患者、３逡逑株（２．２％）来自急诊妇产科患者。来自内科病房的３５株菌株中，２１株（１５．２％）来逡逑自于内分泌科的糖尿病足患者，另有１株来自急诊的菌株也分离自糖尿病足患者，逡逑糖尿病足患者感染部位分离株占总收集菌株数的１５．９％。来自外科病房的３３株菌中逡逑有２４株（１７．４％）来自基本外科，均为盆腹腔或消化道感染患者。来自ＩＣＵ病房的逡逑１８株菌株中，来自内科ＩＣＵ和外科ＩＣＵ各９株，均占总株数的６．５％。来自妇产科病逡逑房的１８株菌株中，１６株（１１．６％）来自妇科患者，２株（１．４％）来自产科患者，，另逡逑有２株分离自急诊妇科患者、１株分离自急诊产科患者，分离自妇科急诊和病房患逡逑者的菌株数共计１８株（１３．１０％）
图２．所有脆弱拟杆菌群菌株、碳青霉烯类敏感菌株和碳青霉烯类不敏感菌株体外抗逡逑菌药物敏感率比较（ＣＬＳＩ抗菌药物敏感性试验标准）逡逑－逦—＾ｉ＝＝ｉ＾ｉ＝＝＝ｉｒ＝ｉＰ逡逑．梦邋０逦S缅澹掊危掊危阱澹掊宕╁澹掊义希掊澹掊澹澹澹澹掊澹掊澹掊澹掊澹澹义稀鲥澹幔欤戾澹簦瑁邋澹椋螅铮欤幔簦澹箦澹ǎ睿剑保常福╁巍鲥澹悖幔颍猓幔穑澹睿澹礤澹螅酰螅悖澹穑簦椋猓欤邋澹ǎ睿剑罚常╁澹悖幔颍猓幔穑澹睿澹礤澹睿铮睿螅酰螅悖澹穑簦椋猓欤邋澹ǎ睿剑叮担╁义
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