MALDI-TOF MS和16S rRNA序列分析在快速鉴定临床细菌中的应用

发布时间：2017-03-30 21:09

  本文关键词：MALDI-TOF MS和16S rRNA序列分析在快速鉴定临床细菌中的应用，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：第一部分MALDI-TOF MS和16S r RNA序列分析在快速鉴定临床疑难细菌中的应用目的评价MALDI-TOF MS和16S r RNA序列分析在快速鉴定临床少见或疑难细菌中的应用,提高临床少见或疑难细菌鉴定的准确性,缩短细菌鉴定时间。方法收集2014年1月~2015年12月安徽医科大学第一附属医院分离自血液、痰液、分泌物、胸水及尿液等标本的临床少见或疑难细菌90株,以16S r RNA序列分析为金标准,比较MALDI-TOF MS与Vitek2 Compact鉴定系统鉴定的准确性及三种方法的鉴定时间。结果90株临床少见或疑难细菌中,MALDI-TOF MS将78株(86.7%)鉴定到种水平,9株(10.0%)鉴定到属水平,3株(3.3%)未能鉴定;Vitek2 Compact鉴定系统将61株(67.8%)鉴定到种水平,11株(12.2%)鉴定到属水平,18株(20.0%)未能鉴定;90株均扩增到16S r RNA目的基因片段并成功测序,86株(95.6%)鉴定到种水平,4株(4.4%)鉴定到属水平。以16S r RNA序列分析为金标准,MALDI-TOF MS和Vitek2 Compact鉴定系统正确鉴定到种水平准确性分别为85.6%(77/90)和57.8%(52/90),两者差异有统计学意义(χ2=90,P=0.000)。Vitek2Compact系统与MALDI-TOF MS鉴定结果在属水平一致的有64株(71.1%),不一致的有26株(28.9%)。MALDI-TOF MS、Vitek2 Compact和16S r RNA序列分析鉴定所需时间分别约为10min/株、8~12 h/株、10 h/株。结论与Vitek2 Compact鉴定系统相比,MALDI-TOF MS和16S r RNA序列分析对临床少见或疑难细菌具有较好的鉴定准确性。MALDI-TOF MS鉴定时间显著缩短,可以作为临床微生物实验室细菌鉴定的重要方法之一。第二部分MALDI-TOF MS和荧光定量PCR在快速鉴定腹膜透析相关性腹膜炎细菌中的应用目的评价菌膜MALDI-TOF MS鉴定法和荧光定量PCR在快速鉴定腹膜透析相关性腹膜炎细菌中的应用价值。方法收集安徽医科大学第一附属医院2014年4月~2015年8月收治的CAPD腹膜炎患者80例,留取患者初入院经验性抗生素使用之前第一袋腹透液,采取以下方法:(1)将腹透液接种血培养瓶中,置于血培养系统培养,待血培养瓶报警,转种三份哥伦比亚血液琼脂平板,第一份培养18~24h后,进行Vitek2 Compact系统鉴定;第二份培养8h后取菌膜进行MALDI-TOF MS鉴定;第三份培养24 h后进行MALDI-TOF MS鉴定做为菌膜MALDI-TOF MS鉴定方法的阳性对照。(2)直接提取浓缩腹透液标本DNA,应用基于16S r RNA基因的荧光定量PCR进行细菌鉴定。比较常规血培养方法、菌膜MALDI-TOF MS鉴定法和荧光定量PCR从标本接收到完成鉴定结果所需时间。结果(1)80例腹透液经过血培养系统培养后,55例阳性报警,使用Vitek 2 Compact系统能将55例均鉴定到种水平,阳性率为68.8%(55/80);血平板培养8h后,55例标本均长出菌膜,MALDI-OF MS将50例成功鉴定到种水平,5例无鉴定结果,菌膜鉴定成功率为90.9%(50/55)。其中革兰阳性菌菌膜鉴定成功率为89.7%(35/39),革兰阴性菌菌膜鉴定成功率为93.8%(15/16)。培养24 h后进行MALDI-TOF MS鉴定做为阳性对照,其中55例菌膜均成功鉴定到种水平,鉴定结果与Vitek2 Compact系统结果一致。(2)荧光定量PCR鉴定腹透液标本阳性率为86.3%(69/80),与腹透液血培养阳性率68.8%(55/80)相比,差异有统计学意义(χ2=76,P=0.001)。荧光定量PCR与腹透液血培养鉴定法一致性为82.5%(66/80)。腹透液血培养常规鉴定法、培养8h菌膜MALDI-TOF MS鉴定方法和荧光定量PCR从标本接收到完成鉴定分别需要24~48h/例,10~20h/例,2~3h/例。结论腹透液血培养后,接种血平板培养8h,刮取菌膜进行MALDI-TOF MS鉴定,该方法具有操作简单、快速且准确的特点。荧光定量PCR方法与常规检测方法相比,可以提高细菌检出率,检测腹膜炎细菌具有快速、准确、灵敏的特点,适用于腹膜透析相关性腹膜炎病因的快速筛查与及时诊断。两种方法均是实验室鉴定腹膜炎细菌的先进、快速而准确的选择,各有利弊,研究者要根据实际需要权衡利弊。
【关键词】：MALDI-TOF MS 16S rRNA 基因 序列分析 细菌 鉴定 16Sr RNA 基因 MALDI-TOF MS 序列分析 腹膜透析 腹膜炎 荧光定量 PCR
【学位授予单位】：安徽医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R446.5
【目录】：

• 缩略词表5-6
• 中文摘要6-9
• 英文摘要9-13
• 前言13-16
• 第一部分 MALDI-TOF MS和 16S rRNA序列分析在快速鉴定临床疑难细菌中的应用16-33
• 引言16
• 1 材料与方法16-21
• 2 结果21-28
• 3 讨论28-32
• 4 结论32-33
• 第二部分 MALDI-TOF MS和荧光定量PCR在快速鉴定腹膜透析相关性腹膜炎细菌中的应用33-50
• 引言33-34
• 1 材料与方法34-39
• 2 结果39-46
• 3 讨论46-49
• 4 结论49-50
• 参考文献50-55
• 附一 个人简历55-57
• 附二 致谢57-58
• 附三（综述）58-66
• 参考文献62-66

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