甘肃河西走廊地区幽门螺杆菌适应性进化特征的研究

发布时间：2020-08-23 15:34

【摘要】：据统计,世界上约有一半以上的人口感染有幽门螺杆菌,目前已证实它与慢性萎缩性胃炎、消化性溃疡和胃肿瘤(如胃癌和黏膜相关淋巴组织淋巴瘤)等疾病有关。中国甘肃河西走廊地区是我国胃癌高发区,幽门螺杆菌的感染率也高于全国平均水平,但是该地区幽门螺杆菌的起源及种群结构尚不清楚。目的:了解甘肃河西走廊地区幽门螺杆菌(H.pylori)基因组特征及种群结构,阐释该地区H.pylori菌群的进化起源,进而探讨该地区胃癌高发的成因是否与该地区的H.pylori菌群特征有关。方法:1.收集甘肃河西走廊地区H.pylori感染的胃黏膜标本254例,在微需氧环境中成功分离培养出临床菌99株,并鉴定保存于-80℃冰箱。2.复苏保存的H.pylori菌株,传代培养后采用Qiagen54104试剂盒进行细菌基因组DNA的提取。根据文献筛选出H.pylori的7个管家基因AtpA、Efp、MutY、Ppa、TrpC、Urel、YphC进行基因测序。3.将所得到的7个管家基因核酸扩增片段DNA序列进行电泳检测后,利用ABI PRISM 310 DNA sequencer对扩增产物测序并拼接,然后进行MLST分析,获得菌株所对应的等位基因谱(allelic profile)和序列型(sequence type,ST),并与国际菌株的资料进行比较,从而获得这些菌株的致病相关性。4.使用MEGA7软件构建系统进化树,并进行分析甘肃河西走廊地区临床菌株的结构特点。结果:1.对99株甘肃河西走廊地区临床菌进行MLST分析,得到了99个序列型,并且这99个序列型都是H.pylori MLST数据库中未曾报道过的,证明均是新发现的菌株。这99株临床分离菌株大致分为3个簇,其中大部分武威、酒泉菌株聚类相对集中,分别聚为2簇,而金昌和古浪地区菌株聚类相对分散。通过比较不同疾病之间的聚类分析关系,没有发现明确的聚集现象。2.中国已分离的菌株和本研究的甘肃河西走廊地区菌株进行对比分析,结果发现华北地区和河西地区菌株出现聚类情况,可能该地区存在克隆群之外,其他均为散在分布的单个的点。另将整体中国菌株(包括本研究的河西菌株)与全球不同分布菌株对比,发现中国菌株大部分和hpEastAsia种群聚在一起,而其他菌株仅仅表现为散在的小聚集现象。结论:1.河西走廊地区幽门螺杆菌不同于目前已发现的菌株,其不同地区具有其独特的等位基因,有一定的地域相关性,但疾病相关性不明显。2.中国菌株大多聚类于hpEastAsia种群或者亚类,华北地区和河西地区菌株出现聚类情况,不同地区来源的H.pylori菌株的基因型大多为独特型,且在一定地域的小范围内,菌株显示出一定的聚类性,说明可能就是克隆群的存在(Clonal Groups)。
【学位授予单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R446.5;R573
【图文】：

菌落形态,革兰染色,菌落形态

图3-1 H.pylori菌落形态特征（A）及革兰染色结果(B)（ 1000）-1 Colony morphological characteristics of H.pylori (A) and Gram staining results (B) 2 H.pylori尿素酶实验结果将培养成功的菌株用无菌接种环挑取菌落于反应物中1-2 min后，反变红色，反应为阳性。总共245例胃黏膜组织，培养出120株临床菌，3株，对143株进行尿素酶试验，有115株表现为阳性。3 H.pylori氧化酶实验结果无菌接种环挑取菌落于氧化酶试纸片后，菌苔变为粉红色并迅速转为性反应。同样145株中，102株出现阳性反应。4 H.pylori过氧化氢酶试验结果在菌落菌液中加入3%的过氧化氢，试管内菌液中产生大量气泡，从出，反应为阳性。同样145株菌中，93株出现阳性反应。

电泳图,电泳,基因组DNA,管家基因

图 3-2 H.pylori 基因组 DNA 电泳结果g 3-2 Genomic DNA electrophoresis results of H.p基因扩增的DNA目的片段管家基因扩增电泳验证结果将H.pylori扩增的7个管家基因（yphC、mutY证，1.5%琼脂糖凝胶电泳分析，见图3-3，符。

管家基因,菌株,标准分

15ylori7 个管家基因 PCR 扩增片段。M 为 DNA 标准分子C、mutY、efp、Urel、trpC、atpA、ppa 管家基因扩增roducts of seven housekeeping genes fragments from H.pyane1-7 housekeeping genes fragments ：yphC、mutY、eatpA、ppa.同菌株的管家基因的琼脂糖凝胶电泳检测结果H.pylori菌株扩增的7个管家基因（yphC、mutY、验证，1.5%琼脂糖凝胶电泳分析，见图3-4，从在300 bp-700 bp之间。

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