全基因测序分析耐甲氧西林金黄色葡萄球菌利奈唑胺耐药相关变异位点

发布时间：2017-05-27 23:06

  本文关键词：全基因测序分析耐甲氧西林金黄色葡萄球菌利奈唑胺耐药相关变异位点，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的通过全基因组测序研究利奈唑胺(LZD)敏感株和诱导耐药耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)之间基因变异位点差异,了解LZD耐药基因变异位点。方法采用不同浓度梯度的LZD对遗传背景清晰的MRSA-MS4母株进行诱导,获得LZD耐药菌株MRSA-MS4-LZD100,测定最低抑菌浓度(MIC),采用普通聚合酶链反应(PCR)扩增MRSA-MS4-LZD100 23S rRNA V区及核糖体蛋白L3/L4基因,测序后与野生株比较,获得相应的突变位点;采用Illumina HiSeq 2000测序技术对样品DNA进行paired-end(PE)测序,构建Illumina PE文库,利用生物信息学完成该菌株的全基因组测序。结果经过32代诱导,获得MRSA-MS4-LZD100菌株,其LZD MIC为96μg/mL。PCR测序分析提示其V区多拷贝基因均存在G2447T突变,L3蛋白存在Gly113Val突变;全基因组包含2 744 315 bp碱基对,注释后共有2 509个基因,11个tRNA编码基因,以及2个完整的rRNA基因编码操纵子,获得PubMed全基因序列号(JXMJ00000000);共找出101个SNP和6个Small indel突变,发生于外显子的SNP占16个,SNP后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括IstB ATP结合区域包含蛋白、凝集因子A及转座子IS1272等,而发生于外显子的Small indel占3个,Small indel突变后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括假设蛋白、30S核糖体蛋白S1、凝集因子A。结论经LZD诱导获得LZD耐药MRSA-MS4-LZD100菌株,测序分析提示该菌株存在除23S rRNA V区及L3蛋白基因以外的突变位点,为进一步研究隐性LZD耐药机制指明了方向。
【作者单位】： 深圳大学南山区人民医院内源性感染诊治研究重点实验室;
【关键词】： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 利奈唑胺 高通量测序 全基因组序列
【基金】：深圳市重点学科资助项目(201506093) 深圳市科技创新课题(No.JCYJ20150402152130173、No.JCYJ20150402152130167) 深圳市重点学科经费资助 深圳市南山区课题资助(No.2015019、2015022)
【分类号】：R440
【正文快照】： [Chin J Infect Control,2017,16(1):1-5]以利奈唑胺(linezoid,LZD)为代表的口恶唑烷酮类(oxazolidinone)药物是目前多重耐药革兰阳性细菌治疗的“最后防线”,已成为治疗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcusaureus,MRSA)感染,控制MRSA医院感染暴发

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本文编号：401374