限制性两阶段多位点全基因组关联分析法在遗传育种中的应用

发布时间：2021-03-03 03:13

　　全基因组关联分析（genome-wide association studies,GWAS）通过建立全基因组高密度分子标记以检测基因型与表型间的关联性,已成为动植物数量性状遗传解析的主要方法。然而,以往GWAS方法只注重于个别主要QTL的检测,而且使用仅有2个等位变异的SNP标记不能检测自然群体中广泛存在的复等位变异,一定程度限制了GWAS的应用。限制性两阶段多位点全基因组关联分析方法（RTM-GWAS）首先根据全基因组高密度SNP标记间的连锁不平衡程度,将多个相邻且紧密连锁的SNP标记组成为具有复等位变异（单倍型）的连锁不平衡区段（SNPLDB）标记。其次,RTM-GWAS使用由SNPLDB标记计算的遗传相似系数矩阵作为群体结构偏差的通用估计,并提取该矩阵的特征向量作为模型协变量以降低由群体结构偏差导致的假阳性。最后,利用具有复等位变异的SNPLDB标记与建立的多位点复等位变异模型,RTM-GWAS将性状遗传率作为QTL表型变异解释率的上限,通过两阶段分析策略高效地进行全基因组QTL及其复等位变异的检测,并最终构建多QTL遗传模型。该法还可以基于性状小区观测值,建立QTL与环境互作多... 

【文章来源】：中国农业科学. 2020,53(09)北大核心

【文章页数】：13 页

【部分图文】：

中国大豆种质资源群体百粒重全基因组关联分析Q-Q图

中国大豆种质资源群体百粒重RTM-GWAS分析Manhattan图

中国大豆种质资源群体百粒重QTL-allele矩阵

【参考文献】：
期刊论文
[1]限制性两阶段多位点全基因组关联分析方法的特点与计算程序[J]. 贺建波,刘方东,邢光南,王吴彬,赵团结,管荣展,盖钧镒.  作物学报. 2018(09)

博士论文
[1]中国大豆地方品种群体籽粒性状的遗传解析及其在设计育种中的应用[D]. 张英虎.南京农业大学 2014



本文编号：3060484