QTL与环境互作的完备区间作图方法研究

发布时间：2022-12-18 18:22

　　QTL与环境互作（QTL by environment interactions,QEI）在作物的遗传分析中被广泛地检测到,QEI作图对分子标记辅助选择、研究重要性状的遗传机制和理解基因型与环境互作具有重要的意义。完备区间作图（inclusive composite interval mapping,ICIM）方法成功实现了单环境的加性、加显性和上位性作图,大量模拟研究和实际数据的分析表明ICIM是一种行之有效的QTL作图方法,并已应用到大量实验群体的遗传分析中。本研究将ICIM方法拓展到多环境数据的加性、加显性和加加上位性QEI作图中,并通过模拟群体结合实验群体研究了其有效性,研究内容主要包括四个方面:1.以DH群体为例阐述了利用ICIM方法进行加性和加加上位性QEI作图的遗传学和统计学原理;以F2群体为例阐述了加显性QEI作图的遗传学和统计学原理。QEI作图的完备区间作图过程包括两个步骤:第一步,利用逐步回归选择每个环境的显著标记（及标记乘积项）并估计其效应;第二步,利用上一步选择的显著标记（及标记乘积项）修正各个环境的表型数据,然后同时利用各环境修正后的表型数据进行全基因组的一维... 

【文章页数】：84 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩略表
第一章 引言
    1.1 数量性状及其遗传
    1.2 数量性状座位作图
        1.2.1 QTL作图的基本原理
        1.2.2 常用的QTL作图方法
    1.3 QTL与环境互作作图的研究进展
        1.3.1 基因型与环境互作
        1.3.2 从基因型与环境互作到QTL与环境互作
        1.3.3 QTL与环境互作作图方法的研究进展
    1.4 数量性状座位作图中的显著性水平及LOD临界值
    1.5 本研究的目的和意义
第二章 加性QTL与环境互作的完备区间作图
    2.1 材料与方法
        2.1.1 线性模型
        2.1.2 QEI完备区间作图的一维扫描
        2.1.3 QTL解释的表型变异（PVE）
        2.1.4 模拟研究
        2.1.5 功效和假阳性率的计算
        2.1.6 玉米RIL实验群体
    2.2 结果
        2.2.1 DH群体独立遗传模型的检测功效及位置和效应的估计
        2.2.2 DH群体连锁遗传模型的检测功效
        2.2.3 玉米RIL实验群体的QEI作图和单环境作图结果
        2.2.4 玉米RIL实验群体利用表型均值QTL作图结果
        2.2.5 玉米RIL实验群体遗传模型的检测功效及位置和效应的估计
    2.3 结论与讨论
第三章 加显性QTL与环境互作的完备区间作图
    3.1 材料与方法
        3.1.1 线性模型
        3.1.2 QEI完备区间作图的一维扫描
        3.1.3 QTL解释的表型变异（PVE）
        3.1.4 模拟研究
        3.1.5 玉米永久F_2实验群体
    3.2 结果
        3.2.1 F_2群体独立遗传模型的检测功效、位置和效应的估计
        3.2.2 F_2群体连锁遗传模型的检测功效、位置和效应的估计
        3.2.3 玉米永久F_2实验群体的QEI作图和单环境作图结果
    3.3 结论与讨论
第四章 加加上位性QTL与环境互作的完备区间作图
    4.1 材料与方法
        4.1.1 线性模型
        4.1.2 QEI完备区间作图的二维扫描
        4.1.3 模拟研究
    4.2 结果
    4.3 结论与讨论
第五章 QTL与环境互作作图中的经验LOD临界值
    5.1 材料与方法
    5.2 结果
    5.3 结论与讨论
第六章 全文结论
参考文献
致谢
作者简历


【参考文献】：
期刊论文
[1]QTL IciMapping:Integrated software for genetic linkage map construction and quantitative trait locus mapping in biparental populations[J]. Lei Meng,Huihui Li,Luyan Zhang,Jiankang Wang.  The Crop Journal. 2015(03)
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博士论文
[1]玉米杂种优势遗传基础及玉米与水稻比较基因组研究[D]. 严建兵.华中农业大学 2003

硕士论文
[1]不同遗传群体重组率的估计及QTL作图中检验统计量的分布特征[D]. 孙子淇.中国农业科学院 2012



本文编号：3722536