嗜铁钩端螺旋菌株种内进化和固氮的比较基因组分析（英文）

发布时间：2021-06-10 08:33

　　为揭示在生物冶金工业生态系统和酸性矿山排水系统中占主导地位的嗜铁钩端螺旋菌（Leptospirillum ferriphilum）种内进化机制,以嗜铁钩端螺旋菌株L. ferriphilum YSK、L. ferriphilum DX和L. ferriphilum ZJ的全基因组序列为研究对象,通过高通量测序并与已有的L. ferriphilumML-04菌株全基因组序列进行比较基因组学研究。结果表明,嗜铁钩端螺旋菌发生广泛的种内变异,可能来源于噬菌体的新基因片段的缺失与插入是导致嗜铁钩端螺旋菌基因组产生该异质性的主要原因。另外,意外地发现嗜铁钩端螺旋菌株L. ferriphilumYSK和L. ferriphilumZJ的基因组中存在固氮基因簇。深入分析并进一步实验证实菌株L. ferriphilumYSK的固氮基因簇继承自其原始祖先而非源自横向基因转移。综合上述研究结果可知,嗜铁钩端螺旋菌种群正在生物冶金体系中经历频繁的基因重组,在近期的进化中产生许多紧密相关的基因组类型;同时,嗜铁钩端螺旋菌的重组过程深刻塑造其生理特性,并为其适应不同的生态位奠定基础。 

【文章来源】：Transactions of Nonferrous Metals Society of China. 2020,30(06)EISCICSCD

【文章页数】：12 页

【文章目录】：
1 Introduction
2 Experimental
    2.1 Growth of L.ferriphilum strains and DNA isolation
    2.2 Genome sequencing,assembly and annotation
    2.3 Comparative genome analysis
    2.4 Phylogenetic analysis
    2.5 Nitrogen-free growth and RNA extraction
    2.6 Real-time quantitative PCR
3 Results and discussion
    3.1 General features of genomes of L.ferriphilum isolates
    3.2 Whole genome comparison of isolate YSK and ML-04
    3.3 nif gene cluster in L.ferriphillum YSK
    3.4 Quantitative N-cycling gene expression
4 Conclusions


【参考文献】：
期刊论文
[1]不同碳材料辅助下混合中度嗜热微生物浸出黄铜矿的比较研究（英文）[J]. 朱萍,刘学端,陈爱佳,刘宏伟,尹华群,邱冠周,郝晓东,梁伊丽.  Transactions of Nonferrous Metals Society of China. 2019(06)



本文编号：3222050