NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析

发布时间：2022-02-23 20:16

　　研究黑果枸杞在不同浓度盐胁迫下基因表达谱变化情况,为进一步研究黑果枸杞抗盐分子机制奠定研究基础。对0（CK）、50、250 mmol/L NaCl溶液胁迫的黑果枸杞组培苗的根和叶在胁迫时间为0、1、12 h时分别取样,采用转录组测序（RNASeq）技术进行测序分析。结果表明,转录组测序共产生222.49 Gb原始数据,拼接出Unigenes 86 037条,注释到7大功能数据库（GO、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot和egg NOG）上的Unigenes总数为46 594个,占总Unigenes的54.76%,还有38 929个Unigenes在这些数据库中没有得到注释。通过GO分类和KEGG Pathway富集性分析,分别归于51个GO类别和211条代谢途径。差异表达基因分析显示,黑果枸杞叶片和根的上调基因和下调基因数随着NaCl浓度的增大和处理时间的延长均呈增加趋势,叶片中的上调基因数（7 514）小于下调基因数（9 032）,根中的上调基因数（12 347）大于下调基因数（11 559）。在黑果枸杞盐胁迫下转录组中发现28 325个SSR位点,最多的为单核苷... 

【文章来源】：生物技术通报. 2020,36(02)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 NaCl处理
        1.2.2 总RNA的提取、文库构建和转录组测序
        1.2.3 Unigene功能注释和差异表达基因分析
2 结果
    2.1 总RNA质量检测和组装结果分析
    2.2 基因功能注释
    2.3 GO注释和分类
    2.4 KOG注释和分类
    2.5 KEGG代谢通路分析
    2.6 Unigene差异表达分析
    2.7 SSR信息分析
3 讨论
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发[J]. 尹跃,安巍,赵建华,王亚军,樊云芳,曹有龙.  浙江农林大学学报. 2019(02)
[2]3个种群黑果枸杞叶片解剖结构的耐盐性分析[J]. 马彦军,许晶晶,韩谨如,马瑞.  干旱区资源与环境. 2018(04)
[3]黑果枸杞R1-MYB转录因子基因的克隆及表达分析[J]. 王翠平,陈建伟,严莉,乔改霞,李健.  中草药. 2018(01)
[4]基于转录组信息的黑果枸杞MYB转录因子家族分析[J]. 严莉,王翠平,陈建伟,乔改霞,李健.  中国农业科学. 2017(20)
[5]基于山桐子转录组序列的SSR分子标记开发[J]. 李娜,姚民,梅兰菊,廖望,陈放,唐琳.  应用与环境生物学报. 2017(05)
[6]NaCl胁迫对黑果枸杞叶片生理指标的影响[J]. 张荣梅,马彦军.  甘肃农业大学学报. 2017(04)
[7]基于马尾松转录组的SSR分子标记开发及种质鉴定[J]. 梅利那,范付华,崔博文,文晓鹏.  农业生物技术学报. 2017(06)
[8]黑河下游荒漠植物黑果枸杞叶片性状特征及其盐分响应[J]. 武燕,尹建军,李善家.  生态学杂志. 2017(05)
[9]黑果枸杞抗逆性及栽培育种研究进展[J]. 刘丽萍,张东智,张冲,陈金焕.  生物技术通报. 2016(10)
[10]利用转录组测序技术鉴定紫花苜蓿根系盐胁迫应答基因[J]. 马进,郑钢.  核农学报. 2016(08)

博士论文
[1]海滨锦葵盐胁迫转录组分析和抗盐基因研究[D]. 汤晓丽.中国科学院烟台海岸带研究所 2016

硕士论文
[1]短期盐胁迫下中国石竹幼苗响应的转录组测序、组装和分析[D]. 张倩倩.内蒙古农业大学 2017
[2]盐胁迫下滨柃（Eurya emarginata）幼苗的生理响应和转录组分析[D]. 赵路遥.浙江海洋大学 2017
[3]盐生植物辽宁碱蓬（Suaeda liaotungensis K.）转录组测序及分析[D]. 曹盈.辽宁师范大学 2013



本文编号：3641268