基于RNA-seq技术的耐辐射动球菌在辐射胁迫下差异表达基因的筛选和验证

发布时间：2024-05-14 22:49

　　耐辐射动球菌(Kineococcus radiotolerans,K.radiotolerans)是一种从核污染环境中分离出来的可在γ射线、强碱、高盐、干旱、高金属离子浓度、高渗透压及高化学毒性等严酷环境中存活的革兰氏阳性抗辐射菌。K.radiotolerans可应用于环境保护和生物修复等领域,但其分子基础及作用机制尚未明确。通过具高效性和准确性的深度测序(RNA-seq)技术对K.radiotolerans未处理组(Wild-type Sample,WS)和 4.5 kGy 辐照剂量处理组(Radiation-induced Sample,RS)的转录组进行测序,明确该菌在辐射诱导之后相关基因的差异表达情况,初步探索其抗辐射的分子调控机理,并为其调控研究提供基础数据。本研究分别选取WS和RS进行总RNA提取和cDNA文库构建,通过Illumina Hiseq2000测序平台对两个样本的转录组进行测序,利用TopHat软件将测序结果中高质量的有效测序读数与K.radiotolerans全基因组进行匹配,用DEGseq软件计算并分析两个样本中各基因的标准表达量(FPKM值)及表达差异性,...

【文章页数】：72 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１．１耐辐射动球菌在ＰＴＹＧ平板上的形态

ｏ／ｅｒａｍ’，ｒａＪ／ｏ／ｏ／ｅｒａｍ’）ＳＲＳ３０２Ｉ６１?菌株?１〇！；２００２年??ＰＷｌｌｉｐｓ等１１１旨次从萨凡纳河岸含Ｆｅ、Ａｌ、Ｓｉ、Ｃａ、Ｆ、Ｋ及其他碱性ｆｆｌ离ｆ？的强碱、高盐和??放射性核素及其他一些核裂变产物等高放射性废弃物中分离出来的一种耐辐射球菌。??....

图２．２?ＰＣＲ富集产物电泳结果??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．２?Ｔｈｅ?ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ＰＣＲ?ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ?ｐｒｏｄｕｃｔｓ??

浙江理Ｔ．人学硕．丨：学位论文?基于ＲＮＡ－ｓｅｑ技术的耐辐射动球菌在辐射胁迫下差异表达基因的筛选和验ｉｊＨ??３．１．２凝胶电泳检测??将提取的ＷＳ和ＲＳ总ＲＮＡ进行Ｉ％ＴＢＥ琼脂糖凝胶电泳，丨－：样Ｓ均为５００?ｎｇ，结??采如图２．１。从电泳结果Ｗ出，人？总ＲＮＡ完整，无明....

图２．１菌株ＷＳ和ＲＳ总ＲＮＡ凝胶电泳??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．１?Ｔｈｅ?ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ｓａｍｐｌｅｓ?ｉｎ?ＷＳ?ａｎｄ?ＲＳ??

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图３．６丨ＧＶ分析差异表达基因（ｍｖｌ）??Ｆｉｇｕｒｅ．?３．６?Ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ?ｇｅｎｅ?ｅ＼ｐｒｅｓｓｉｏｎ（ｒ＾ｃ＼４）?ｂｙ?ＩＧＶ??３１??

浙江理Ｔ：人学硕Ｉ：学位论文?基于ＲＮＡ－ｓｅｑ技术的耐辐射动球菌在辐射胁迫下差异表达基因的筛选和验证??ｇｅｎｅｓ??ｌｅ－０５??；Ｖ??ＲＳ??ＷＳ?ｌｅ＋０１?ｌｅ＋ＯＢ?ｌｅ＋０５??图３．５样本间基因表达分布图??Ｆｉｇｕｒｅ．?３．５?Ｇｅｎｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ....

本文编号：3973529