科学网上海·裸奔的生物信息学 [一]

  本文关键词：生物信息学，由笔耕文化传播整理发布。

    讲正事儿之前，先讲两个无关的故事。前段时间在看正版的《三国志通俗演义》，以前看过很多遍的那个《三国演义》其实是盗版。吕布很有意思，武功天下第一，张飞十几个回合就不行了，关羽一看老三不照了，拍马上前双战吕布，还是摆不平。老大刘备一看摆不平，拔剑就冲上去。吕布一看：这不成流氓斗殴了吗？哪有三打一的？撤了。话说吕布武功高是高，但整天到处被人追杀，亡命天涯，最后还是被曹操抓住砍了头，啥原因呢？其实就是没有自己的地盘。另一个故事是这样的，有天下大雨，淋了我一身，回家找衣服穿，老婆在一边就说了：找啥？你衣服都洗掉了，要不穿我的吧？我说不穿。老婆怒：不穿你裸奔吧。后来想想，有的穿总比裸奔好哈，所以老老实实穿了老婆的衣服。
    说正事儿，讲讲生物信息学。生物信息学是干啥的？你能一句话概括出来吗？想清楚再说哦！呃，你要回答：用信息学的方法来解决生物学的问题，对不对？好，争议就在“问题”上。主流学者两派观点，一派认为生物信息学应当能发现一些新的规律、新现象，所以是一门科学；另一派的观点则认为生物信息学应当处理生物学里一些实际的问题，比如算法、数据库，软件等，，所以是一门技术。目前来说，前一派的观点占据绝对的优势，后一派则因为大家认为技术这东西等同民工而强烈鄙视。前一派观点占据主流，问题就来了。大家会问你：你一修电脑的，怎么发现新的规律和现象？充其量就是个预测！既然是预测，那就得拿实验验证啊！所以，大家的逻辑是：生物信息学要做实验。好，讲到实验，问题又来了：自己做还是合作？自己做？呵呵，隔行如隔山，并且实验仪器、试剂等等可比计算机贵多了，而且出活太慢，要是什么东西都实验验证了，那估计搞计算的早退休了。虽然咱自己也做实验，可如果能三年出数据，五年出文章，就一般的文章，我都很满足了。所以搞生物信息的自己做实验，这属于大R和超R玩家 (R, RMB)的战法，对于年轻学者来说，不要抱太大的指望。那么就只能跟实验学家合作。可合作也不是那么容易的。搞生物信息学嘛，不管你怎么忽悠，其实还是算法、工具、数据库、软件这些玩意儿，多数实验学家一般不会用到特别复杂的东西，就像你含辛茹苦弄出个金马桶，好是好，就是太沉，拉了没力气倒。所以大多数人还是去蹲坑，你这金马桶那也就只能看看。并且，如果是常规的生物信息学分析，找个学生做做就得了，请一个专家合作，又得给共通讯，又得分基金，经济上不合算。所以，合作也不靠谱。
     所以我这么分析一圈，就是想说，主流学派强调发现新玩意儿，如果要做实验验证，自己做或者合作都是极度不靠谱的事情。那有没有别的办法？有。雄雷支了一招，其实这招我师兄很多年前就跟我讲过，说搞生物信息学，文章要想法的好，要么做实验，要么做进化。后者的意思就是从进化的角度来解释你的结果。好不好呢？好是好，但也不是没问题。第一，进化的枝枝弯弯特别多，如果水平不够，很容易弄出笑话，比如不懂positive selection结果发到Sciene上被人批成猪头。发不出来也就算了，这种笑话如果发到Science上，那得多可怕？第二，把结果踢到进化的好处是，死无对证，进化动辄就是几百万年，怎么验证？那审稿人也没法让你验证。当然喽，这东西玩多了，靠不靠谱就算是顶尖学者的心里，恐怕也是打鼓。所以，进化这东西，要玩先掂量掂量自己的分量，玩不过雄雷那还是洗洗睡吧。所以，进化是一条好路，可你真要走这条路，那不如硬着头皮自己做实验：我就这么干的。
    结论：主流学派的想法很好，但基本上来说，因为可操作性极差，所以不现实。对于非主流学派的观点(技术流)，主流人士历来看不上，所以，生物信息学目前的唯一选择就是：裸奔。

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