全基因组预测哈茨木霉的效应子

发布时间：2021-07-23 11:39

　　【目的】通过采用高通量技术筛选哈茨木霉菌株的效应子。【方法】根据哈茨木霉CBS 226.95菌株全基因组14 065个蛋白序列信息,利用SignalP、TMHMM、TargetP和Protcomp等生物信息学软件和预测程序进行分泌蛋白预测。【结果】分析得到709个蛋白,占总蛋白的5.04%。再对709个分泌蛋白与胞外酶数据库进行比对分析、半胱氨酸含量、multiple tandem repeats分析,筛选获得<300个氨基酸的小分子蛋白作为候选效应蛋白。共获得24个蛋白,其中有3个是碳水化合物结合模块家族蛋白,其余21个为假定蛋白。【结论】本研究利用生物信息学方法从哈茨木霉基因组中预测出候选效应子,为进一步研究效应子在拮抗真菌与病原真菌及植物间的互作关系奠定了基础。 

【文章来源】：西南农业学报. 2020,33(09)北大核心CSCD

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

709个哈茨木霉分泌蛋白的长度统计分析

396个哈茨木霉分泌蛋白的半胱氨酸残基数量分布

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3299223