生防菌株PF-1基于全基因组数据的分类鉴定及拮抗能力分析
发布时间：2021-11-14 15:12
基于全基因组数据,确定生防菌株PF-1的分类地位,验证其对植物病原菌的拮抗作用以及挖掘其潜在的生防功能。通过全基因组中16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析方法确定生防菌株PF-1的分类地位,通过平板对峙方法研究其对马铃薯枯萎病菌和棉花黄萎病菌的拮抗能力;利用antiSMASH软件分析和预测菌株PF-1的抗生素相关基因并挖掘其生防潜力。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析结果,PF-1被鉴定为防御假单胞菌（Pseudomonas protegens）,同时发现PF-1基因组中存在15种次生代谢产物基因簇,具有良好的抑制病原菌生长和提高植物抗病性的能力,在农业中具有良好的应用前景。
【文章来源】：浙江农业学报. 2020,32(10)北大核心CSCD
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
PF-1对棉花黄萎病菌和马铃薯枯萎病菌的抑制效果
P. protegens PF-1与亲缘关系较近的P. protegens Pf-5和P. protegens CHA0具有类似的次级代谢产物合成基因簇构成。与已知功能的次级代谢产物合成基因簇比对,P. protegens PF-1中具有5个相似度超过50%的次级代谢产物合成基因簇,且均具有抗菌作用。表1 PF-1及其近缘菌种平均核苷酸一致性(ANI)和DNA同源性分析(DDH)数值Table 1 ANI and DDH analysis between PF1 and relative strains 菌株名称Strain name DDH/% ANI/% Pseudomonas protegens Pf-5 99.1 99.99 Pseudomonas protegens CHA0T 89.6 98.87 Pseudomonas saponiphila DSM 9751T 37.8 90.15 Pseudomonas amygdali CFBP 3205T 23.1 84.42 Pseudomonas ficuserectae ICMP7848 22.7 83.60 Pseudomonas cerasi PL963 22.6 84.74 Pseudomonas meliae CFBP 3225T 22.2 85.00 Pseudomonas congelans DSM 14939T 21.8 84.28 Pseudomonas tremae ICMP 9151 20.1 83.45 Pseudomonas caspiana FBF 102T 20.0 83.65
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于全基因组的芽孢杆菌平均核苷酸同源性（ANI）分析[J]. 刘波,胡桂萍,唐唯其. 福建农业学报. 2013(09)
[2]生防细菌在植物病害防治中的应用[J]. 严婉荣,赵廷昌,肖彤斌,肖敏,赵志祥,陈绵才. 基因组学与应用生物学. 2013(04)
[3]我国植物病害生物防治综述[J]. 刘琴,刘翼,何月秋,林泋君,姜开梅. 安徽农学通报(上半月刊). 2012(07)
[4]植物病害生物防治概述[J]. 付小军,盛鑫,马进,张毅,徐进. 陕西农业科学. 2011(04)
[5]新型生物农药藤黄绿脓菌素[J]. 何延静,胡洪波,许煜泉,张雪洪. 农药. 2006(03)
本文编号：3494866
【文章来源】：浙江农业学报. 2020,32(10)北大核心CSCD
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
PF-1对棉花黄萎病菌和马铃薯枯萎病菌的抑制效果
P. protegens PF-1与亲缘关系较近的P. protegens Pf-5和P. protegens CHA0具有类似的次级代谢产物合成基因簇构成。与已知功能的次级代谢产物合成基因簇比对,P. protegens PF-1中具有5个相似度超过50%的次级代谢产物合成基因簇,且均具有抗菌作用。表1 PF-1及其近缘菌种平均核苷酸一致性(ANI)和DNA同源性分析(DDH)数值Table 1 ANI and DDH analysis between PF1 and relative strains 菌株名称Strain name DDH/% ANI/% Pseudomonas protegens Pf-5 99.1 99.99 Pseudomonas protegens CHA0T 89.6 98.87 Pseudomonas saponiphila DSM 9751T 37.8 90.15 Pseudomonas amygdali CFBP 3205T 23.1 84.42 Pseudomonas ficuserectae ICMP7848 22.7 83.60 Pseudomonas cerasi PL963 22.6 84.74 Pseudomonas meliae CFBP 3225T 22.2 85.00 Pseudomonas congelans DSM 14939T 21.8 84.28 Pseudomonas tremae ICMP 9151 20.1 83.45 Pseudomonas caspiana FBF 102T 20.0 83.65
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于全基因组的芽孢杆菌平均核苷酸同源性（ANI）分析[J]. 刘波,胡桂萍,唐唯其. 福建农业学报. 2013(09)
[2]生防细菌在植物病害防治中的应用[J]. 严婉荣,赵廷昌,肖彤斌,肖敏,赵志祥,陈绵才. 基因组学与应用生物学. 2013(04)
[3]我国植物病害生物防治综述[J]. 刘琴,刘翼,何月秋,林泋君,姜开梅. 安徽农学通报(上半月刊). 2012(07)
[4]植物病害生物防治概述[J]. 付小军,盛鑫,马进,张毅,徐进. 陕西农业科学. 2011(04)
[5]新型生物农药藤黄绿脓菌素[J]. 何延静,胡洪波,许煜泉,张雪洪. 农药. 2006(03)
本文编号：3494866
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