甲基营养型芽胞杆菌WM7低温响应转录谱分析

发布时间：2023-11-04 09:24

　　为从分子水平揭示甲基营养型芽胞杆菌WM7低温响应机制,采用高通量测序技术对低温和常温培养的菌体进行转录组测序分析,对部分差异表达显著基因进行RT-qPCR验证。结果表明,共检测到2 029个差异表达基因,其中1 519个低温上调,510个低温下调。GO和KEGG分析显示,1 199个差异表达基因归属细胞组分、分子功能和生物过程3个部分,683个基因参与到225个代谢途径中,其中涉及基因最多的是磷酸戊糖途径、嘌呤和氨基酸合成途径。菌株低温响应主要与脂肪酸代谢、ABC转运体、转录调控、信号转导、碳氮代谢等途径相关。此外,检测到大量差异表达的未知功能基因,多个基因差异表达倍数均大于50倍。本研究从基因表达方面阐述了甲基营养型芽胞杆菌WM7低温响应机制,为全面揭示其低温生长机制奠定了理论基础,提供了基因信息。

【文章页数】：9 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 菌株培养
    1.3 RNA提取与文库构建
    1.4 测序数据分析
    1.5 差异基因RT-qPCR验证
2 结果与分析
    2.1 转录组与参考基因组比对
    2.2 基因表达量分析
    2.3 差异表达基因分析
    2.4 差异表达显著基因的GO功能和KEGG分析
    2.5 脂肪酸合成与膜蛋白相关基因
    2.6 膜转运蛋白ABC转运体与信号转导相关基因
    2.7 适冷酶及冷适应蛋白相关基因
    2.8 差异表达基因的RT-qPCR验证
3 讨论
4 结论



本文编号：3860022