绿针假单胞菌泛基因组分析及次级代谢通路挖掘

发布时间：2024-02-21 08:47

　　为了对生防细菌绿针假单胞菌的基因组信息进行深入探索,全面描述绿针假单胞菌的特征并挖掘其次级代谢产物,从NCBI数据库中获得46个绿针假单胞菌的基因组,利用泛基因组分析软件和次级代谢产物挖掘软件对其进行分析。结果表明,46株菌的基因组大小在6.61～7.23 Mb,GC含量为62.0%～63.2%,共分为4个亚种,在进化树上被归为4个分支;泛基因组分析发现,其含有13 296个基因家族,其中,核心基因家族有3 653个,特有基因家族有3 968个。次级代谢产物合成基因簇预测分析发现,46个绿针假单胞菌基因组中有27类、643个次级代谢基因簇,4个亚种中均含有的主要基因簇是高丝氨酸内酯、非核糖体肽合成酶、丁内酯、细菌素和吩嗪;且绿针假单胞菌中还有大量未开发的次级代谢产物。该研究明确了绿针假单胞菌的泛基因组和核心基因组特征,预测了其次级代谢产物,有助于全面了解绿针假单胞菌的特征及深入开发利用该菌株。

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【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 基因组平均遗传相似度（Average Nucleotide Identity,ANI）分析
        1.2.2 基因组系统发育分析
        1.2.3泛基因组和核心基因组分析
        1.2.4 次级代谢产物合成基因簇分析
2 结果与分析
    2.1 绿针假单胞菌基因组基本数据分析
    2.2 基因组平均遗传相似度（ANI）分析
    2.3 基因组系统发育分析
    2.4 核心基因组和泛基因组分析
    2.5 次级代谢产物合成基因簇预测
3 结论与讨论



本文编号：3905245