基于简化基因组数据开发岭南青冈微卫星引物

发布时间：2021-11-22 06:21

　　微卫星标记（simple sequence repeat,SSR）在基因组中普遍存在,具有共显性、高多态性等特点,在群体空间遗传研究中应用广泛。随着测序技术的发展,SSR的开发方法也更加多样化。岭南青冈（Quercus championii Benth）是中国南方常绿阔叶林的珍贵材用树种,对其分子标记的开发可促进岭南青冈的育种和种质保护。本研究基于4个岭南青冈个体的简化基因组序列进行SSR引物的开发。使用pyRAD软件分析显示:（1）每个个体中包含微卫星重复片段的序列在46 000～84 000条;（2）个体内聚类后得到的位点数在5 500～24 000;（3）个体间聚类后获得1 158个一致性位点。在1 158个位点中获得186个侧翼序列没有变异且重复碱基位于序列中间位置的位点。使用Primer Premier 5.0设计了25对引物,在来自3个群体的36个岭南青冈个体中进行验证,结果表明17对引物能成功扩增,共获得106个等位位点,每个引物的等位基因数在2～12,平均为6.2。引物的期望杂合度和观测杂合度分别为0.19～0.88和0.11～0.76。本研究的引物开发方法具有速度快、... 

【文章来源】：植物研究. 2020,40(04)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

基于RAD-seq开发SSR引物流程图

微卫星引物RAD195设计区域

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3511111