基于转录组测序的陈山红心杉EST-SSR开发及应用

发布时间：2022-12-05 04:03

　　【目的】目前杉木分子标记数量无法满足种质资源评价及分子标记辅助育种等相关研究需求,需要开发更多的杉木SSR标记十分重要。【方法】以陈山红心杉转录组测序数据为基础,进行EST-SSR标记的检测和开发,并对陈山红心杉二代种子园进行遗传变异分析。【结果】转录组测序共获得99 122 394个reads片段,包含了14.87 Gb的序列数据。序列组装后,获得76 597个unigene,共计104.18 Mb数据,平均长983 bp。寻找到8 072个SSR位点,单核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占总数的66.30%和17.48%,其次是二核苷酸重复类型,占总数的12.31%。AT/TA和AG/TC是主要的双碱基重复序列,分别占总位点数的6.79%和1.93%。AGA/TCT和AAG/TTC是主要的三碱基重复序列,分别占总位点数的1.45%和1.44%。从随机挑选的150对SSR引物中筛选出11对多态性引物。陈山红心杉二代种子园SSR位点间的平均等位基因数为4.4个,有效等位基因为2.4个;群体平均观察杂合度、期望杂合度、Shannon多样性指数分别为0.533 5、0.563 8、1.0... 

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 植物材料
    1.2 转录组测序
    1.3 EST-SSR挖掘和引物设计
    1.4 引物筛选与产物检测
    1.5 数据统计与分析
2 结果与分析
    2.1 转录组数据的组装
    2.2 转录组中EST-SSR位点的分布特点
    2.3 EST-SSR引物的筛选
    2.4 陈山红心杉二代种子园遗传多样性和遗传相似系数
3 结论和讨论
    3.1 陈山红心杉转录组数据质量和EST-SSR的分布特点
    3.2 陈山红心杉二代种子园遗传多样性


【参考文献】：
期刊论文
[1]云南金花茶转录组SSR的分布及其序列特征[J]. 叶鹏,李显煌,唐军荣,李斌,张贵良,刘成,雷瀚,辛培尧.  中南林业科技大学学报. 2019(09)
[2]基于干旱胁迫下杉木转录组序列的EST-SSR分子标记开发[J]. 吴夏雷,董黎,孙宇涵,胡瑞阳,郑会全,胡德活,李云.  东北林业大学学报. 2018(02)
[3]榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J]. 张敏,周彩红,陈焘,戴文圣,张迟.  果树学报. 2017(10)
[4]陈山红心杉优树自由授粉子代苗木生长特性研究[J]. 刘芙蓉,段爱国,贾晨,罗建勋.  四川林业科技. 2016(05)
[5]杉木转录组SSR挖掘及EST-SSR标记规模化开发[J]. 文亚峰,韩文军,周宏,徐刚标.  林业科学. 2015(11)
[6]红松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发[J]. 张振,张含国,莫迟,张磊.  林业科学. 2015(08)
[7]基于RNA-Seq技术的连翘转录组组装与分析及SSR分子标记的开发[J]. 王兴春,谭河林,陈钊,孟令芝,王文斌,范圣此.  中国科学:生命科学. 2015(03)
[8]华北落叶松种子园不同世代间遗传多样性变化[J]. 于大德,袁定昌,张登荣,范英明,李旦,张鸿景,张金凤.  植物遗传资源学报. 2014(05)
[9]杉木地理种源的EST-SSR分子标记变异研究[J]. 徐阳,陈金慧,赵亚琦,王颖,王新民,刘伟东,施季森,郑仁华,欧阳磊,张志才,黄金华,叶代全,方扬辉.  南京林业大学学报(自然科学版). 2014(01)
[10]杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发[J]. 徐阳,陈金慧,李亚,洪舟,王颖,赵亚琦,王新民,施季森.  南京林业大学学报(自然科学版). 2014(01)



本文编号：3709638