蒙古栎叶片的转录组测序及基因功能注释

发布时间：2023-05-08 04:38

　　蒙古栎(Quercus mongolica)是我国北方阔叶树主要建群种,采用RNA-seq技术对蒙古栎叶片的转录组进行测序。通过Illumina测序平台共获得52 076 914条有效reads,从头组装共得到24 196个UniGene,平均长度为732 bp。根据GO功能注释,共有17 561个UniGene可以注释到分别对应于细胞组分、分子功能、生物学过程的674、1 909、2 842个GO term。KEGG富集分析表明,9 189个UniGene被富集到138条代谢途径,主要包括植物-病原体相互作用、剪接体、内吞、内质网蛋白质加工、植物激素信号转导等。根据eggNOG分类注释结果,19 378个UniGene富集到25个功能类别中。NCBI_nr库注释结果表明,蒙古栎与核桃(Juglans regia)之间可能存在较近的亲缘关系。研究结果扩充了蒙古栎的基因资源,为进一步挖掘蒙古栎的功能基因信息提供了理论基础。

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 样品采集与总RNA提取
    1.2 c DNA文库构建与转录组测序
    1.3 转录组数据从头组装
    1.4 基因注释
2 结果与分析
    2.1 蒙古栎叶片转录组数据的组装
    2.2 Uni Gene的GO分类注释
    2.3 Uni Gene的KEGG代谢途径分类
    2.4 Uni Gene的egg NOG分类注释
    2.5 Uni Gene的NCBI＿nr库注释
3 小结



本文编号：3812004