光亮橡胶树叶绿体基因组测序组装与注释

发布时间：2024-03-14 05:18

　　【目的】为了研究光亮橡胶树叶绿体基因组序列特征,从基因组层面评价光亮橡胶树的育种可利用性,从而为橡胶树近缘野生种的深度评价和有效利用提供参考依据。【方法】以光亮橡胶树嫩叶为材料,通过提取高质量基因组DNA、构建测序文库、illumina HiSeq 2000测序、叶绿体基因组拼接组装、生物信息学注释,获得了完整的光亮橡胶树叶绿体基因组图谱,并将其与大戟科其他12个已完成叶绿体基因组测序的物种进行了进化分析。【结果】光亮橡胶树叶绿体基因组为典型的双链环状结构,其大小为161 124 bp,由1个大单拷贝区域、1个小单拷贝区域和2个反向重复区域这4个区域组成;光亮橡胶树叶绿体基因组包含A碱基51 495个、T碱基52 022个、G碱基28 915个、C碱基28 692个,GC含量为35.75%;通过生物信息学注释共得到134个基因,其中,86个为蛋白编码基因,4个为假基因,36个为tRNA基因,8个为rRNA基因;从基因功能来看,86个蛋白编码基因主要参与光合系统Ⅰ、光合系统Ⅱ、细胞色素b/f复合体、ATP合成酶、NADH脱氢酶、核糖体蛋白、RNA聚合酶等生物学过程;利用叶绿体基因组蛋白编...

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【部分图文】：

图1光亮橡胶树叶绿体基因组图谱

以超低温保存的光亮橡胶树浅绿色嫩叶为材料，按照试剂盒规定的流程提取了基因组DNA，经Agilent2100Bioanalyzer质量检测发现，DNA未降解、不包含RNA或蛋白质等杂质，DNA质量符合构建测序文库的要求。然后采用1.2.2中所述的方法构建了DNA测序文库，并采用....

图2基于叶绿体基因组的大戟科植物系统发育树

基于大戟科的13种植物叶绿体基因组蛋白编码基因序列的进化分析结果表明，13个物种在其进化中可明显地分为3个类群。其中，4种橡胶树属植物和木薯分为1类群，麻疯树、巴豆、油桐、东京桐和蓖麻5个物种分为1类群，甘遂、乳浆大戟和绿玉树3个物种分为1类群。这一分析结果与传统分类学中依据形态....

本文编号：3928119