沙冬青属植物叶绿体基因组对比和系统发育分析

发布时间：2024-05-22 21:38

　　该研究以沙冬青和矮沙冬青叶绿体基因组为研究对象,比较分析其基因组结构和系统发育关系。结果显示:(1)沙冬青和矮沙冬青的叶绿体基因组具有典型的四段式结构,全长为153 935 bp和154 140 bp,其中大单拷贝区(LSC)分别为83 891 bp和84 126 bp,小单拷贝区(SSC)分别为18 022 bp和18 014 bp,以及长度各自为26 011 bp和26 000 bp的成对反向重复区(IRs);沙冬青和矮沙冬青均注释130个基因,包括85个蛋白编码基因(PCGs),37个转运RNA(tRNA)以及8个核糖体RNA(rRNA)。(2)沙冬青和矮沙冬青的叶绿体基因组中分别检测出26和15个回文重复序列,39和50个串联重复序列,23和34个散在重复序列。同时都鉴定出96个SSRs位点,包括74和73个单核苷酸重复,5和6个二核苷酸重复,以及各有17个复合SSR位点;边界分析显示两者IR区相似,但仍有一定差异。(3)通过近邻结合法(NJ)对沙冬青和矮沙冬青在内的17种蝶形花亚科以及2种云实亚科植物的叶绿体基因组构建的系统发育树显示,沙冬青和矮沙冬青以较高的支持率聚为一个独...

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

图1沙冬青和矮沙冬青实验材料

IR区域在叶绿体基因组中具有高度保守性,但是IR/SC边界区域仍存在细微变化。IR区边界的膨胀和收缩是被认为被子植物叶绿体基因组大小变化的主要原因。本研究比较分析沙冬青和矮沙冬青和其他4种蝶形花亚科(Papilionoideae)物种海南黄檀(Dalbergiahainanen....

图2沙冬青和矮沙冬青叶绿体全基因组物理图谱

IR区和SC区边界的膨胀和收缩被认为是被子植物叶绿体全基因组大小变化的主要机制[33]。在植物进化过程中,IR/SC边界不同程度的扩张和收缩导致了边界和基因组长度的多样性[34]。选取沙冬青和矮沙冬青的4种近缘种(海南黄檀、木蓝、白羽扇豆、檀香紫檀)的叶绿体全基因组作为参考序列,....

图3沙冬青和矮沙冬青IR区边界比较

选取沙冬青和矮沙冬青在内的17种蝶形花亚科以及2种云实亚科植物的叶绿体全基因组进行系统发育树的构建,以白花羊蹄甲(Bauhiniaacuminata)和湖北紫荆(Cercisglabra)作为外类群,利用近邻结合法构建系统发育树。结果显示15个分枝节点的bootstrap值都....

图4基于NJ法19种植物叶绿体全基因组构建的系统发育树

图3沙冬青和矮沙冬青IR区边界比较3讨论

本文编号：3980572