PEG6000模拟干旱胁迫下银杏幼苗叶片的转录组分析

发布时间：2024-06-10 18:09

　　为研究银杏响应干旱胁迫的差异表达基因,本研究以20%(w/w) PEG6000处理后的银杏幼苗叶片和正常叶片(对照)为材料构建了15个转录组测序文库,共产生了7.88×108原始序列读数,经从头组装并优化过滤后得到了93 750个Unigenes。通过对不同时间点响应干旱的基因进行差异分析,共找到了4 140个差异表达基因,其中有1 953个上调,2 187个下调,在干旱过程中差异表达基因的动态响应表现为干旱处理6 h的上调差异基因数最高,干旱处理12 h的下调差异基因数最高。进一步对得到的差异表达基因进行转录因子鉴定,共鉴定出171个转录因子,其中74个上调,97个下调,主要集中在MYB (38)、AP2/ERF (26)、NAC(15)、C2C2 (13)和bZIP (6)家族,且转录因子数在干旱处理6 h达到高点。GO富集分析显示,碳水化合物代谢与细胞壁大分子代谢占生物学过程最多,细胞膜的组成部分与细胞外区域显著富集在细胞组分中,水解酶活性占分子功能最多。KEGG富集分析显示,差异表达基因显著富集在苯丙烷生物合成、植物激素信号转导、植物昼夜节律以及淀粉和蔗糖代谢等通路中。上述研究...

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【部分图文】：

图1Unigenes长度频数

对处理组和对照组进行差异表达基因的鉴定，一共鉴定出4140个DEGs，其中有1953个上调DEGs,2187个下调DEGs用于接下来的分析。通过对D1、D2、D3、D4四个时间点PEG处理和对照组(CK)的差异表达基因进行分析(图3)，可以看出，在干旱处理过程中，上调的DE....

图2Unigenes功能注释统计

图1Unigenes长度频数1.4干旱胁迫下转录因子(TFs)的变化

图3不同时间点差异表达基因的数量比较

为了鉴定不同干旱时间点银杏叶中共同和特异的差异表达基因，用D1～D4时间点的DEGs生成韦恩图(图5)，可以看出，在干旱胁迫的D2～D3阶段(6h～12h),DEGs的重叠部分达到最大(999个)，在干旱胁迫D2阶段时，DEGs的特异性表达达到最高(743)，且干旱胁迫D1阶....

图4不同时间点转录因子的数目

图3不同时间点差异表达基因的数量比较图5差异表达基因韦恩图

本文编号：3991707