马铃薯核苷二磷酸激酶基因（NDPKs）的生物信息学分析

发布时间：2021-08-04 04:22

　　核苷二磷酸激酶（NDPKs）参与许多与增殖、发育和分化相关的调节过程,对DNA/RNA合成、细胞分裂、大分子代谢和生长至关重要,在响应植物非生物胁迫方面发挥重要作用。本研究选择实验前期获得的一个马铃薯核苷二磷酸激酶基因的EST序列,以此作为实验材料。采用电子克隆技术,获得马铃薯中一个核苷二磷酸激酶基因cDNA序列全长,命名为St NDPKs并上传到GenBank数据库中获得登录号。通过生物信息学的方法,对该基因所编码的蛋白质从理化性质、高级结构等多角度进行分析预测。结果表明:该基因的cDNA全长为717 bp,编码了238个氨基酸,分子式为C₁₁₃₃H₁₈₁₁N₃₃₁O₃₄₁S₅,是定位于叶绿体基质的亲水性蛋白;该基因属于NDPK superfamily家族,无膜穿透性,无信号肽,磷酸化位点有28个;通过对该蛋白的结构功能域进行分析,发现该序列中含有8个功能位点;根据蛋白质同源序列比对结果,证明该基因与马铃薯核苷二磷酸激酶基因高度同源,表明该基因与核苷二磷酸激酶基因具有相似的生... 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(09)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

St NDPKs基因的c DNA序列及其预测的氨基酸序列

St NDPKs蛋白的疏水性/亲水性预测

用NCBI中的Blast对该基因进行同源性分析，结果显示同源性有99%，说明St NDPKs基因与马铃薯NDPKs序列有高度同源性。为了进一步探究St NDPKs基因与NDPKs之间的进化关系，选取了马铃薯、辣椒、番茄、烟草、番木瓜中的核苷二磷酸激酶进行同源进化比对，通过MEGA 7.0软件构建了同源进化树(图7)，可知该基因与马铃薯同类基因的进化关系更近。以上结果表明，此基因属于马铃薯NDPKs家族。由结果推论，St NDPKs其可能同马铃薯NDPKs具有类似的活性和功能。此结果与保守结构域预测的结果相一致。图4 St NDPKs蛋白的三级结构预测

【参考文献】：
期刊论文
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[3]AtNDPK2基因转化敖汉苜蓿及其耐盐性分析[J]. 王丽娜,王丽艳,刘景文,郭永霞,金勋,芮海英.  激光生物学报. 2014(01)
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本文编号：3320993