一个新的丹参CYP450的克隆和生物信息学分析

发布时间：2021-11-25 00:47

　　从丹参（Salvia miltiorrhiza Bunge）中克隆1个新细胞色素P450基因SmCYP71D411.1,采用生物信息学的方法,对该基因进行序列特征和组织表达特性分析。提取丹参根部总RNA后反转录为cDNA,克隆得到SmCYP71D411.1基因全长,构建克隆重组质粒。利用生物信息分析预测蛋白质性质、结构。并利用实时荧光定量PCR进行了组织表达特异性分析。SmCYP71D411.1 cDNA全长1 539 bp,编码498个氨基酸,相对分子质量56 541.42 Da,理论等电点7.67。亚细胞定位于叶绿体类囊体膜、细胞质、叶绿体基质等。SmCYP71D411.1在根周皮中的表达量最高。本研究克隆得到一个新基因SmCYP71D411.1,并进行了生物信息学分析,为进一步验证该基因的功能提供了一定的基础。 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(12)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

目前预测的丹参酮类合成下游途径(李斌,2017)注:实线箭头表示已经建立的关系;虚线箭头表示假设关系;Sm CPS1是以二萜的前体GGPP作为其底物产生丹参酮的起始关键酶

以丹参LS1F2 c DNA为模板，以(Forward primer:5"-TCACATCATGGAGCTAAACACTT;Revers primer:CATAACCGATGACTTATTACAGTTACAC-3")为引物，克隆得到丹参Sm CYP71D411.1全长c DNA,其全长1 539 bp，编码498个氨基酸(图2)。1.2 Sm CYP71D411.1理化性质分析和亚细胞定位

采用NCBI protein blast的在线方式，对Sm CYP-71D411.1保守结构域(Conserved domains)进行分析，结果显示，Sm CYP71D411.1的保守域(图3)，有一个P450保守域，属于P450超家族。细胞色素P450是一类以铁卟啉为辅基的蛋白质，在植物中CYP超家族基因占蛋白质编码基因的1%，对底物的结构特异性不强，可代谢各种类型化学结构的底物，目前植物中已经知道的底物有几百种，其催化活性多且功能复杂(Chen et al.,2014;Pateraki et al.,2015)。1.4 Sm CYP71D411.1蛋白的二级结构

【参考文献】：
期刊论文
[1]丹参酮合成相关的候选基因CYP76AK5克隆及生物信息学分析[J]. 浦香东,王丽芝.  中国现代中药. 2017(08)
[2]本草基因组学[J]. 陈士林,宋经元.  中国中药杂志. 2016(21)
[3]Biosynthesis and Regulation of Active Compounds in Medicinal Model Plant Salvia miltiorrhiza[J]. Zhi-chao Xu,Ai-jia Ji,Xin Zhang,Jing-yuan Song,Shi-lin Chen.  Chinese Herbal Medicines. 2016(01)
[4]EST-SSR分析不同产地丹参的遗传多样性[J]. 宋振巧,王建华,陈为序,朱海玥.  核农学报. 2014(02)



本文编号：3517083