基于流式细胞术和K-mer分析的广金钱草基因组大小估测

发布时间：2022-01-26 09:27

　　目的估测广金钱草的基因组大小,为广金钱草基因组测序提供依据。方法采用流式细胞术和全基因组调查（Genome Survey）相结合的方法预估广金钱草基因组大小和杂合度。以OTTO裂解液提取广金钱草细胞核,碘化丙啶对细胞核染色,以番茄为内参,运用流式细胞术预估广金钱草基因组大小;通过第二代高通量测序技术对广金钱草基因组进行低覆盖度评估,利用生物信息学方法估算GC含量、杂合率、重复序列等。结果流式细胞术估算广金钱草的基因组大小为（654.80±11.88）Mbp,经Genome Survey测定获得广金钱草有效数据99.18 Gb,总测序深度约为153.86×,估计基因组的大小约644.62 Mbp,杂合率约0.07%,重复序列含量约59.71%。结论两种方法测得广金钱草基因组大小基本一致,基因组大小适中,杂合度较低,适合进一步的结构基因组研究。 

【文章来源】：中药新药与临床药理. 2020,31(10)北大核心CSCD

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

广金钱草C值的流式图

使用广金钱草基因组99.18 Gb的数据和2个270 bp文库数据构建k=21的K-mer分布图（见图2）。由图2可知，平均K-mer深度即主峰对应的K-mer深度为127。K-mer深度出现在主峰对应深度2倍以上的序列为重复序列，即深度大于254的K-mer序列为重复序列。K-mer深度出现在主峰对应深度一半处的序列为杂合序列，即深度出现在63附近的K-mer序列为杂合序列。从测序数据中得到的总K-mer数为85 936 333 901个，去除深度异常的K-mer后，共82 181 937 866个，计算得到的基因组长度约644.62 Mbp，估计重复序列含量约59.71%，没有明显杂合峰，杂合度约0.07%。2.2.3评估GC含量

【参考文献】：
期刊论文
[1]流式细胞术测定巴戟天基因组大小[J]. 王云鹏,肖博允,熊文波,吴世丹,季爱加,段礼新.  中药新药与临床药理. 2018(05)
[2]杨梅全基因组测序结果初报[J]. 戚行江,任海英,梁森苗,郑锡良,吴阳春.  浙江农业科学. 2015(10)
[3]金钱草和广金钱草的药理作用比较[J]. 熊颖,王俊文,邓君.  中国中药杂志. 2015(11)
[4]气候及地理环境对不同采收期广金钱草质量的影响[J]. 王海霞,林萍,周文婷,姬生国.  医药导报. 2014(08)
[5]氮磷钾配施对广金钱草生长和夏佛塔苷含量影响的研究[J]. 杨全,唐晓敏,程轩轩,张春荣,陈銮鑫,卢挺.  中国农学通报. 2013(04)
[6]广金钱草适宜采收期研究[J]. 陈丰连,张文进,徐鸿华.  中药材. 2010(02)
[7]广金钱草的化学成分研究[J]. 李晓亮,汪豪,刘戈,张晓琦,叶文才,赵守训.  中药材. 2007(07)
[8]广金钱草化学成分的分离与鉴定[J]. 高瑞英,郭璇华.  中药材. 2001(10)

博士论文
[1]捕食性真菌Duddingtonia flagrans全基因组测序及基于转录组分析的捕食相关基因研究[D]. 张伟.内蒙古农业大学 2017

硕士论文
[1]广金钱草种质资源评价与遗传多样性分析[D]. 何博.湖北中医药大学 2016
[2]菰（Zizania latifolia）主要生物学特性及其农艺性状分析[D]. 王营营.浙江大学 2014



本文编号：3610249