川佛手不同发育时期的比较转录组学分析

发布时间：2023-08-03 20:04

　　为研究川佛手不同发育时期转录水平差异,探究调控川佛手有效成分生物合成的基因。该研究利用Illumina Hiseq 4000高通量测序技术对不同发育时期的川佛手果实进行转录组测序,获得121 235条unigene,平均长度2 434 bp,利用DESeq筛选获得3 379个差异基因,主要集中在信号传导、生物调控、代谢过程等生物过程,富集到淀粉、蔗糖的代谢、苯丙素的生物合成、类黄酮的生物合成等代谢通路。进一步对川佛手有效成分生物合成相关基因进行动态比较:PAL,CHI,CYP75B1,ZDS,4CL,FLS的随着果实由绿变黄表达量呈逐渐上升趋势;COMT,F3H,CYP73A的表达量呈先升高后降低趋势;CCR,HCT,HRP呈先下调后上调表达。该研究为进一步挖掘川佛手有效成分生物合成过程中的关键基因,解析调控其有效成分生物合成途径提供研究基础。

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
1 材料
    1.1 样品
    1.2 仪器
2 方法
    2.1 总RNA的提取
    2.2 转录组测序
    2.3 下机序列筛选与组装
    2.4 unigene的功能注释
    2.5 差异表达基因的筛选
3 结果与分析
    3.1 转录组测序数据分析
    3.2 序列比对与注释信息
    3.3 不同发育时期差异表达基因分析
    3.4 不同发育时期差异表达基因的KEGG代谢通路分析
    3.5 佛手有效成分生物合成相关基因的挖掘
4 讨论



本文编号：3838723