基于DNA条形码的多花黄精系统发育和变异位点分析研究

发布时间：2024-03-05 01:21

　　目的对来自不同地域的多花黄精野生资源的核糖体内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)和psbA-trnH基因间隔区序列进行系统发育分析,探索不同地理来源的多花黄精资源的遗传多样性和亲缘关系。方法用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的方法扩增获得多花黄精ITS和psbA-trnH的核酸序列,与美国国家技术信息中心(NCBI)相对应的核酸序列比对获得多花黄精ITS2和psbA-trnH核酸序列。用邻接法(Neighbor joining)构建系统发育树,用Kimura two-parameter(K2-P)模型分析遗传距离,用Mega和DNAman软件进行多重比对分析。结果安徽青阳样品的ITS2序列为224bp,其余24份样品的ITS2序列均为225bp,福建泰宁的1份样品为620bp,其余24份多花黄精样品的psbA-trnH序列均为621 bp,2个序列分别存在7个和4个变异位点。采用ITS2序列构建的系统发育树将25份资源分为2个大的类群,湖南和贵州的5份资源种群聚为一类,其他20份资源聚为一类,...

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【部分图文】：

图1基于ITS2(A)和psbA-trnH(B)序列的多花黄精资源的系统发育树

本研究分别扩增了25份多花黄精资源的ITS序列和psbA-trnH区段DNA序列。ITS2序列包括部分5.8SrRNA序列+ITS2序列+部分28SrRNA序列，psbA-trnH序列包括psbA基因全长+psbA-trnH间区全长+trnH基因全长。参照KX375075....

图225个多花黄精样本的ITS2序列多重比对结果

对25个样品的ITS2序列进行分析，发现ITS2序列存在7个变异位点，安徽青阳样品的碱基“G”缺失，安徽青阳样品与其他24个样品之间的“C”-“T”碱基互换，贵州花溪、贵州剑河、湖南洪江、湖南新宁、湖南资兴等5个样品和其余20个样品之间的“A”-“C”碱基互换，湖南洪江、湖南新宁....

图325个多花黄精样本的psbA-trnH序列多重比对结果

图225个多花黄精样本的ITS2序列多重比对结果4讨论

图1基于ITS2(A)和psbA-trnH(B)序列的多花黄精资源的系统发育树

本研究分别扩增了25份多花黄精资源的ITS序列和psbA-trnH区段DNA序列。ITS2序列包括部分5.8SrRNA序列+ITS2序列+部分28SrRNA序列，psbA-trnH序列包括psbA基因全长+psbA-trnH间区全长+trnH基因全长。参照KX375075....

本文编号：3919462