基于高通量测序技术的三叉苦幼苗转录组数据分析

发布时间：2024-06-11 03:23

　　目的获得三叉苦Melicope pteleifolia转录组信息特征。方法以三叉苦幼苗根、茎、叶混合样品为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果转录组测序分析共获得47 045 040条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得67 956条unigenes,平均长度787 nt。BLAST分析显示分别有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别的47个小组,共9807条unigenes注释到130个KEGG代谢通路中,筛选到19条次生代谢通路,KOG功能分类分析获得25个不同的KOG功能类群。预测共有高等植物转录因子56个家族;借助MISA软件发现7 748个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有4 117个,出现频率为53.1%,五碱基重复SS...

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图1三叉苦转录组unigenes长度分布

采用二代高通量测序平台IlluminaHiSeqTM2000对三叉苦小苗根茎叶进行转录组测序，共得到47728770条rawreads，过滤产生了47045040条cleanreads，包含6937000904个核苷酸信息，Q20（碱基≥20%）为98.57%....

图2三叉苦转录组reads在unigenes上的覆盖统计

图1三叉苦转录组unigenes长度分布2.2三叉苦转录组unigenes功能注释

图3三叉苦转录组unigenes与NR数据库匹配前10个物种分布

利用BLASTx将组装出来的unigenes序列与NR数据库进行比对后，取每个unigenes在NR库中比对结果最好（E值最低）的一条序列为对应同源序列（如有并列，取第1条），确定同源序列所属物种，展示同源序列数量最多的前10个物种（图3）。在相似序列匹配度较高的物种中，甜橙Ci....

图4三叉苦转录组unigenesKOG功能分类图

在三叉苦根茎叶转录组中，共有16566条unigenes被注释到参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别47个小组（图5）。参与的生物过程主要分布在代谢过程（metabolicprocess）、细胞过程（cellularprocess）、单一有机体（single-org....

本文编号：3992330