杜梨叶绿体基因组密码子偏好性分析

发布时间：2021-08-06 10:41

　　为了明确杜梨叶绿体基因组密码子的使用偏性,以杜梨叶绿体基因组中的37条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:（1）杜梨叶绿体基因组密码子不同位置GC碱基含量为:GC₁（48.45%）> GC₂（40.76%）> GC₃（28.66%）,说明密码子末位碱基偏好以A/U结尾;（2）有效密码子数（ENC）取值范围是33.13～52.73,表明密码子偏性较弱;（3）相对同义密码子（RSCU）分析表明,其值> 1的密码子有30个,其中以A、U结尾的有29个;（4）GC₃和GC₁₂无显著相关,相关系数和回归系数分别为-0.143 4和0.207 2; ENC-plot中大部分基因分布于曲线周围和下方,ENC比值分布在-0.05～0.05区间的有14个,说明密码子偏性主要受选择的影响;PR2-plot分析中,T的使用频率高于A,G的使用频率高于C,说明密码子... 

【文章来源】：河北农业大学学报. 2020,43(06)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

中性绘图分析

ENC-plot绘图分析

PR2-plot绘图分析

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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本文编号：3325620