沙特番茄黄化曲叶病毒AC2基因编码蛋白的生物信息学分析

发布时间：2022-12-18 00:53

　　该试验旨在通过生物信息学方法分析沙特番茄黄化曲叶病毒AC2基因编码的转录激活蛋白TrAP（transcriptional activator protein）的结构及功能。该文通过在线软件预测和分析了番茄中AC2基因编码蛋白的一级结构、二级结构、磷酸位点、糖基位点、三级结构及其重要的功能;通过最大似然法对不同物种AC2基因编码蛋白序列构建系统发育树,进行系统发育分析。结果表明:番茄中AC2基因共编码135个氨基酸,且编码蛋白属于不稳定的亲水性蛋白质;二级结构以无规则卷曲折叠为主,比例为58.52%;该蛋白不存在跨膜结构域,属非跨膜蛋白且不存在信号肽;该蛋白1～129个氨基酸区域为双生病毒超基因家族（Gemini_AL2 superfamily）结构域;系统进化情况和植物分类学基本一致,沙特番茄双生病毒AC2基因与南非木薯间的亲缘关系最近。该基因编码蛋白结构与功能的分析为进一步研究AC2双生病毒基因家族奠定了基础,同时为番茄抗病在病虫害防治方面提供一种可行的思路。 

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 序列来源
    1.2 蛋白质结构分析预测
        1.2.1 一级结构
        1.2.2 二级结构
        1.2.3磷酸化位点和糖基化位点预测
        1.2.4 结构域预测
        1.2.5 三级结构
    1.3 系统发育树的构建
2 结果与分析
    2.1 沙特番茄黄化曲叶病毒Tr AP氨基酸序列
    2.2 蛋白结构分析
        2.2.1 一级结构
        2.2.2 二级结构分析预测
        2.2.3磷酸化位点和糖基化位点预测
        2.2.4 结构域预测
        2.2.5 三级结构
    2.3 AC基因编码蛋白的系统发育树构建
3 讨论
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]营养液浓度对番茄生长、品质以及耐贮性的影响[J]. 曹玉鑫,曹红霞,王萍,吴宣毅.  食品科学. 2018(07)
[2]甘南牦牛H-FABP基因CDS区多态性及生物信息学分析[J]. 曹健,罗玉柱,胡江,刘秀,李少斌,吴应童.  甘肃农业大学学报. 2012(04)
[3]猪T细胞受体β链基因的克隆及生物信息学分析[J]. 李玩生,刘磊,冯海燕,房永祥,景志忠.  甘肃农业大学学报. 2010(03)
[4]河豚4SNc-Tudor蛋白的鉴定及生物信息分析[J]. 徐庆刚,陆健,郑建洲,陈华友,陈克平.  安徽农业科学. 2010(03)
[5]棉花曲叶病毒反式作用因子AC2的功能初探[J]. 谢迎秋,孟蒙,朱祯,吴茜,徐鸿林,刘玉乐.  植物学报. 2001(05)



本文编号：3720996